关于乡村河道上违建的管辖问题，这确实是一个涉及多个部门协同管理的复杂议题。不过，我可以为您详细梳理一下主要的管理部门及其职责，以便您更清晰地了解这一问题。
首先，水利部门（水行政主管部门）是河道违建管理的主要部门。他们依据《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国防洪法》以及《河道管理条例》等法律法规，负责河道管理范围内的日常管理和监督。对于未经许可在河道内修建的、影响河势稳定、危害河岸堤防安全或妨碍河道行洪的建筑物、构筑物，水利部门有权进行制止和处理。
除了水利部门，还有其他几个部门也可能涉及河道违建的管理：
城市管理综合行政执法部门（城管部门）：在实行相对集中行政处罚权的地方，城管部门可能被赋予对部分河道违建的查处权，特别是那些影响城市市容市貌或违反城市规划建设要求的违建。
自然资源部门：如果河道违建涉及到非法占用土地，尤其是改变土地用途用于违法建设，自然资源部门就会介入。他们负责查处未经批准非法占用土地进行建设的行为。
河道主管机关：作为河道管理的核心机构，河道主管机关负责审批和管理河道范围内的各类建设活动。对于未经批准或未按照国家规定标准整治河道或修建水工程和其他设施的，他们有权责令停止违法行为，并给予相应处罚。
在实际操作中，如果您发现了乡村河道上的违建情况，我建议您首先向当地的河道主管机关或水利部门举报。他们会依法进行处理，并可能协调其他相关部门共同执法。同时，您也可以根据违建的具体情况，选择向城管部门或自然资源部门反映问题，以确保问题得到及时有效的解决。
最后，我想强调的是，河道违建不仅可能影响河道的行洪安全，还可能对周边生态环境造成破坏。因此，我们每个人都应该积极关注并举报河道违建行为，共同维护河道的安全和生态环境。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。