水利渠道上存在建筑物属于违法行为，具体处罚需根据建筑物性质、影响程度及相关法律规定综合判定，可能涉及行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。以下从不同法律角度展开分析：

一、行政处罚层面：依据《水法》《防洪法》等法规处理

1. 违法认定标准
   根据《中华人民共和国水法》第六十五条，在河道、湖泊管理范围内建设妨碍行洪的建筑物、构筑物，或从事影响河势稳定、危害河岸堤防安全活动的，由县级以上人民政府水行政主管部门或流域管理机构责令停止违法行为，限期拆除违法建筑物、构筑物，恢复原状；逾期不拆除的，强行拆除，所需费用由违法单位或个人承担，并处一万元以上十万元以下罚款。

2. 特殊情形处理

   • 若建筑物位于水利工程保护范围内（如渠道管理范围边界外一定距离），虽不直接影响行洪，但可能危害工程安全的，依据《水利工程安全管理条例》第五十条，责令停止违法行为，限期改正；逾期不改正的，处五千元以上五万元以下罚款。
     
   • 若建筑物涉及历史遗留问题（如早期无审批手续但长期存在），需结合地方性法规处理。例如，部分省份规定对符合规划且无安全隐患的建筑可补办手续，否则仍需拆除。

二、民事责任层面：可能涉及侵权赔偿

若建筑物导致第三方权益受损（如堵塞渠道导致下游农田灌溉受影响），根据《民法典》第一千一百六十五条，行为人需承担侵权责任，包括赔偿损失、恢复原状等。例如，某村村民在渠道上私建水闸，导致下游村庄农作物因缺水减产，法院判决拆除水闸并赔偿经济损失。

三、刑事责任层面：严重情形可能构成犯罪

若建筑物导致重大安全事故（如渠道溃坝引发人员伤亡），可能触犯《刑法》第一百三十四条【重大责任事故罪】或第一百三十八条【教育设施重大安全事故罪】（如涉及学校渠道）。此外，若行为人通过伪造公文、贿赂等手段违规建设，可能同时构成【伪造国家机关公文罪】或【行贿罪】，需数罪并罚。

四、实务建议：分步骤处理此类问题

1. 调查取证：确认建筑物位置、建设时间、审批手续（如有）、实际影响（如行洪能力、工程安全等）。
   
2. 行政程序：向当地水行政主管部门举报，要求依法查处；若涉及跨区域渠道（如跨县渠道），可向上一级水利部门申请指定管辖。
   
3. 民事救济：若权益受损，可收集证据（如照片、损失清单、鉴定报告）向法院起诉，要求停止侵害、赔偿损失。
   
4. 刑事报案：若发现涉嫌犯罪行为（如故意破坏水利设施），向公安机关报案，配合调查取证。

提示：水利渠道管理涉及《水法》《防洪法》《河道管理条例》等多部法规，具体处罚需结合建筑物性质、影响程度及地方实施细则综合判定。如有具体案件，建议提供建筑物位置、建设背景等细节，以便进一步分析。