结论：若法人未同意将车辆进行抵扣，这一行为可能涉及无权处分，具体法律后果及处理方式需根据车辆所有权归属、抵扣行为性质及相对人是否善意等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、车辆所有权归属
若车辆属于公司法人财产：
- 根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，拥有独立的法人财产，享有法人财产权。若车辆登记在公司名下，属于公司财产，法人未同意的情况下，他人无权擅自处分。
- 法律后果：擅自处分公司财产可能构成对公司财产权的侵害，公司有权要求返还车辆或赔偿损失。若涉及刑事犯罪，如职务侵占等，还可能承担刑事责任。
若车辆属于个人财产，但被用于公司运营：
- 若车辆虽登记在个人名下，但实际用于公司运营，且公司未通过合法程序（如购买、租赁等）取得车辆使用权，则车辆仍属于个人财产。
- 法律后果：未经车主同意，他人无权擅自处分车辆。车主有权要求返还车辆或赔偿损失。
二、抵扣行为性质
无权处分：
- 若法人未同意将车辆进行抵扣，而他人擅自进行了抵扣行为，则构成无权处分。
- 法律后果：根据《中华人民共和国民法典》相关规定，无权处分人处分他人财产，未经权利人追认或无处分权人订立合同后取得处分权的，该合同无效。权利人有权要求返还财产或赔偿损失。
表见代理（如适用）：
- 若抵扣行为人虽无实际授权，但相对人有理由相信其有代理权（如持有法人授权书、公司印章等），则可能构成表见代理。
- 法律后果：在表见代理的情况下，代理行为有效，公司可能需承担抵扣行为的法律后果。但公司有权向无权代理人追偿因代理行为而遭受的损失。
三、相对人是否善意
善意相对人：
- 若相对人在抵扣车辆时，不知且不应知抵扣行为人无权处分车辆，且已支付合理对价，则可能构成善意取得。
- 法律后果：在善意取得的情况下，相对人取得车辆所有权，原权利人（如公司或个人车主）无权要求返还车辆，但有权向无权处分人请求赔偿损失。
恶意相对人：
- 若相对人在抵扣车辆时，明知或应知抵扣行为人无权处分车辆，则不构成善意取得。
- 法律后果：原权利人有权要求返还车辆或赔偿损失，且相对人可能因恶意串通损害他人利益而承担法律责任。
四、建议处理方式
收集证据：
- 收集车辆所有权证明、法人未同意抵扣的证据（如书面声明、聊天记录等）、抵扣行为的相关证据（如合同、转账记录等）。
协商解决：
- 尝试与抵扣行为人及相对人进行协商，寻求和解或赔偿方案。
法律途径：
- 若协商无果，可向法院提起诉讼，要求确认抵扣行为无效、返还车辆或赔偿损失。
- 若涉及刑事犯罪，如职务侵占等，可向公安机关报案，追究相关人员的刑事责任。
进一步思考：在处理此类纠纷时，需充分考虑车辆所有权归属、抵扣行为性质及相对人是否善意等因素。建议在实际操作中咨询专业律师，以便更准确地判断法律后果及制定合适的处理方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。