医院合同工停岗期间是否有工资，需分情况讨论，具体如下：

1. 因医院原因导致的停岗
   若停岗是医院因经营调整、岗位撤销等非员工过错原因导致的，根据《劳动合同法》第三十条及《工资支付暂行规定》第十二条，医院需按劳动合同约定支付工资。具体标准为：

   • 停岗不超过1个工资支付周期（通常为1个月）的，医院应按原工资标准全额支付；
     
   • 超过1个周期的，若员工提供正常劳动（如医院安排临时任务），工资不得低于当地最低工资标准；若未安排劳动，医院可按不低于最低工资标准的80%支付生活费（具体比例以地方规定为准，例如北京为70%）。

2. 因员工原因导致的停岗

   • 若停岗是员工因违纪、旷工等自身过错被停职，医院可依据规章制度扣发工资，但需满足以下条件：
     
     • 规章制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示；
       
     • 扣发金额不超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于最低工资标准。
       
   • 若员工因涉嫌违法犯罪被暂时停岗配合调查，医院在调查期间可暂停工资支付，但需在查明事实后补发（若员工无过错）或依法处理（如解除合同）。

3. 特殊情形：医疗期停岗
   若员工因患病或非因工负伤进入医疗期，医院需按《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》支付病假工资，标准为：

   • 医疗期内工资不得低于当地最低工资标准的80%；
     
   • 医疗期时长根据工龄确定（如3-24个月），期满后仍无法工作的，医院可依法解除合同并支付经济补偿。

操作建议：

• 员工应保留劳动合同、工资条、停岗通知等证据，若医院未依法支付工资，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 医院需完善停岗制度，明确停岗条件、工资标准及程序，避免因程序违法引发纠纷。
  

如有进一步疑问（如具体地区政策、证据收集等），可直接向我咨询。