直系亲属注册一个资产管理公司来控股目前的有工业厂房的资产运营公司，这一行为本身是合法的。以下从多个角度对此进行详细分析：
一、法律合规性角度
公司设立与控股的合法性：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，自然人（包括直系亲属）有权设立公司，并作为股东持有其他公司的股份，实现控股。因此，直系亲属注册资产管理公司，并由该公司控股资产运营公司，在法律上是允许的。
资产管理公司的经营范围：
- 资产管理公司的经营范围通常包括资产管理、投资管理、股权投资等。只要资产管理公司的经营范围中包含了对其他公司的控股或投资管理，那么它控股资产运营公司就是合法的。
工业厂房的资产运营：
- 工业厂房作为资产运营公司的核心资产，其运营和管理需遵守相关法律法规，如《中华人民共和国物权法》（现已被《中华人民共和国民法典》物权编替代）、《中华人民共和国城市房地产管理法》等。但这些法律法规主要规范的是资产运营公司的运营行为，而非其股权结构或控股股东的身份。
二、实际操作角度
股权结构的设计：
- 直系亲属注册资产管理公司控股资产运营公司，可以设计合理的股权结构，以实现家族财富的传承、风险隔离或税务筹划等目的。但需注意，股权结构的设计应合法合规，避免违反相关法律法规，如《中华人民共和国公司法》中关于股权转让、股东权利与义务等规定。
关联交易的规范：
- 如果资产管理公司与资产运营公司之间存在关联交易，如资产买卖、资金拆借等，需遵守相关法律法规和会计准则，确保交易的公平、公正和透明。避免利用关联交易进行利益输送或损害其他股东的利益。
税务筹划的合规性：
- 在股权结构和资产运营过程中，可能涉及税务筹划问题。税务筹划应合法合规，避免违反税法规定，如偷税、逃税等违法行为。建议在进行税务筹划时咨询专业税务律师或税务师，确保筹划方案的合法性和有效性。
三、潜在风险与防范
法律风险：
- 需确保资产管理公司和资产运营公司的设立、运营和股权转让等行为均符合相关法律法规的规定，避免因违法行为而面临法律制裁。
经营风险：
- 资产管理公司控股资产运营公司后，需对资产运营公司的经营和管理承担相应责任。如果资产运营公司经营不善或出现亏损，可能影响资产管理公司的财务状况和声誉。因此，需加强对资产运营公司的监管和管理，确保其稳健运营。
家族纷争风险：
- 如果直系亲属之间在资产管理公司和资产运营公司的股权结构、经营决策等方面存在分歧或纷争，可能影响公司的稳定运营和家族关系的和谐。因此，建议在设立公司和设计股权结构时，充分考虑家族成员之间的利益平衡和沟通机制。
总结与建议：直系亲属注册一个资产管理公司来控股目前的有工业厂房的资产运营公司，这一行为本身是合法的。但在实际操作过程中，需注意股权结构的设计、关联交易的规范、税务筹划的合规性以及潜在风险的防范。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。