父亲将有厂房的公司股权转让给儿子是合法的，但需遵循一定的法律程序和规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律程序与规定
公司章程的审查：
- 在进行股权转让前，首先需要审查公司章程，了解其中关于股权转让的具体规定。如果公司章程对股权转让有特别限制或程序要求，必须严格遵守。
股东会决议：
- 根据《公司法》的规定，股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。但在直系亲属间的股权转让中，这一规定通常被视为具有合理理由而得到适当放宽。不过，为了确保程序的合法性和透明性，建议召开股东会并形成决议，明确股权转让的详细条款。
签订股权转让协议：
- 父亲与儿子需签订正式的股权转让协议，明确转让的股权份额、价格、支付方式、交割时间、权利与义务及违约责任等关键条款。此协议应符合《公司法》及公司章程的规定，并由双方签字确认。
工商变更登记：
- 股权转让完成后，需携带股权转让协议、股东会决议等相关文件，前往工商行政管理部门办理股权变更登记手续。这是股权转让具有对抗第三人法律效力的必要步骤。
二、税务处理
个人所得税：
- 如果股权转让价格高于股权原值，则增值部分需缴纳20%的个人所得税。应纳税所得额 = 股权转让收入 - 股权原值 - 合理费用。但在直系亲属间的股权赠与中，若符合条件，可暂不征收个人所得税。不过，仍需提供相关证明材料进行备案。
印花税：
- 股权转让行为需按所载金额的万分之五缴纳印花税，双方均需申报缴纳。
三、实际操作建议
评估股份价值：
- 如果股份无明确市场价值，建议聘请专业财务顾问或会计师进行估值，以确保交易的公平性和合理性。
保护其他股东权益：
- 在股权转让过程中，应充分考虑并保护其他股东的合法权益，确保过程公平透明，避免纠纷。例如，通过股东会决议确保其他股东对股权转让的知情权和同意权。
寻求专业法律帮助：
- 鉴于股权转让的复杂性，建议在整个过程中咨询专业的律师，以确保合法合规，避免法律风险。律师可以提供全面的法律意见和指导，帮助顺利完成股权转让。
四、特殊情况考虑
如果公司为一人有限责任公司：
- 在这种情况下，父亲作为唯一股东，其股权转让给儿子相对更为简便。但仍需遵循公司章程和《公司法》的相关规定，如签订股权转让协议、办理工商变更登记等。
如果涉及国有资产或其他特殊情况：
- 可能需要进行资产评估以确定股权价值，并遵守相关法律法规的特别规定。
总结与建议：
父亲将有厂房的公司股权转让给儿子是合法的，但必须严格遵循公司章程、《公司法》以及税法的相关规定。在实际操作中，建议签订正式的股权转让协议、召开股东会形成决议、办理工商变更登记手续，并妥善处理税务问题。同时，为了确保交易的公平性和合法性，建议寻求专业律师的法律帮助。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。