违反《土地管理法》第七十九条，一般应由县级以上人民政府自然资源主管部门负责处理。以下是对此问题的详细分析：

法律依据与部门职责

根据《土地管理法》的相关规定，县级以上人民政府自然资源主管部门是土地管理的主要执法部门，负责土地资源的规划、管理、监督和执法工作。当发生违反土地管理法律、法规的行为时，如非法占用土地、破坏土地资源等，这些部门有权进行调查、取证，并依法作出行政处罚决定。

第七十九条的具体内容与处理

《土地管理法》第七十九条主要规定了非法转让、倒卖土地使用权等违法行为的法律责任。对于这类违法行为，县级以上人民政府自然资源主管部门有权进行查处，包括责令限期改正、没收违法所得、罚款等行政处罚措施。在严重的情况下，还可能涉及刑事责任的追究，但这通常需要由公安机关等司法机关介入。

处理流程与注意事项

1. 发现违法行为：任何单位或个人发现违反土地管理法律、法规的行为，都可以向县级以上人民政府自然资源主管部门举报。
2. 调查取证：自然资源主管部门在接到举报后，会进行调查取证，确认违法事实的存在和违法行为的性质。
3. 作出处罚决定：根据调查结果，自然资源主管部门会依法作出行政处罚决定，包括责令限期改正、没收违法所得、罚款等。
4. 执行与监督：处罚决定作出后，自然资源主管部门会监督违法行为的改正情况，并确保处罚决定的执行。

在处理过程中，也需要注意以下几点：

• 确保执法程序的合法性：自然资源主管部门在执法过程中，必须严格遵守法定程序，确保执法行为的合法性和公正性。
• 保护当事人的合法权益：在处理违法行为时，也要保护当事人的合法权益，避免过度执法或侵犯当事人的合法权益。
• 加强部门协作：对于涉及多个部门或复杂情况的违法行为，自然资源主管部门应加强与其他相关部门的协作，共同打击违法行为。

特殊情况的处理

在某些特殊情况下，如违法行为涉及多个地区或跨部门时，可能需要更高层级的自然资源主管部门或政府进行协调处理。此外，如果违法行为涉嫌犯罪，自然资源主管部门还应及时将案件移送司法机关处理。

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