当您发现借据的诉讼时效已经超过三年时，确实会面临一些挑战，但并不意味着您完全丧失了追讨债务的权利。以下是一些详细且有条理的应对策略，希望能对您有所帮助：
一、优先尝试与债务人协商
争取债务人自愿履行：
- 尽管诉讼时效已过，但债务本身并未因此消失。您可以尝试与债务人进行友好沟通，详细说明借款的事实和情况，基于道德、诚信等因素，债务人或许会愿意主动偿还借款。
- 一旦债务人自愿履行还款义务，其后就不能再以诉讼时效已过为由要求返还。
达成新的还款协议：
- 如果债务人愿意，您可以与债务人协商重新达成还款协议，明确新的还款金额、时间和方式等。
- 这个新协议将被视为对原债务的重新确认和约定，诉讼时效也将从此时重新计算。
二、仔细保留并审查相关证据
证明诉讼时效中断：
- 详细梳理借款过程中的各类证据，如书面催款函、短信、微信记录、电话录音等，以证明在诉讼时效期间内您曾向债务人主张过权利，或债务人曾作出过同意履行义务的表示。
- 如果存在这些情形，诉讼时效会从中断、有关程序终结时起重新计算。
增强证据的证明力：
- 考虑通过公证机构向债务人送达催款通知，这样可以增强证据的证明力，为后续纠纷解决提供更有力的支持。
三、考虑依法提起诉讼
法院受理与抗辩：
- 即使诉讼时效超过三年，您仍有权向法院提起诉讼。法院在受理时不会主动审查诉讼时效问题，只有当债务人提出时效抗辩时，法院才会对此进行审查。
债务人未提出抗辩的情况：
- 如果债务人不知晓诉讼时效规定，或虽知晓但未在诉讼中提出抗辩，法院将正常审理案件。
- 只要您能提供充分证据证明借款事实，仍有可能获得胜诉判决。
四、探索其他非诉讼途径
- 调解与仲裁：
- 如果协商无果且无法证明诉讼时效中断，您可以考虑通过调解、仲裁等非诉讼方式解决纠纷。
- 这些方式通常更为灵活，可能更易于双方达成共识，且能避免诉讼带来的额外成本和风险。
五、预防与未来建议
明确约定还款期限：
- 为避免未来出现类似问题，建议在出借资金时明确约定还款期限，并妥善保存所有相关证据。
及时主张权利：
- 务必在法律规定的诉讼时效期间内及时主张权利，以免错过最佳时机。
寻求专业法律帮助：
- 如果您对法律程序不熟悉或协商无果，建议咨询专业的法律人士或机构，他们可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
综上所述，即使借据的诉讼时效超过三年，您仍有多种途径可以尝试追讨债务。关键在于保留好证据，了解法律规定，并根据具体情况选择合适的应对策略。希望这些建议能对您有所帮助。