商家逾期退款是否会扣钱，这主要取决于商家与消费者之间的约定以及相关法律法规的规定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、基于合同约定的角度

1. 有明确约定扣钱条款：

   • 如果商家与消费者在退款协议或相关合同中明确约定了逾期退款将扣除一定金额作为违约金或滞纳金，那么商家在逾期退款时，按照约定扣除相应金额是合法的。
   • 示例：假设消费者与商家签订了一份购买合同，合同中明确规定，若商家逾期退款，需每日按退款金额的0.05%支付滞纳金。在此情况下，商家逾期退款时，确实会按照约定扣除滞纳金。

2. 无明确约定扣钱条款：

   • 如果商家与消费者之间没有明确约定逾期退款将扣除金额，那么商家在逾期退款时，通常无权单方面扣除消费者的款项。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方应当遵循公平原则，确定各方的权利和义务。商家无权单方面增加消费者的负担，除非双方有明确约定。

二、基于法律法规的角度

1. 消费者权益保护法：

   • 根据《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定，消费者享有公平交易的权利。商家在逾期退款时，如果未经消费者同意擅自扣除金额，可能构成对消费者公平交易权的侵害。
   • 建议：消费者在遇到此类情况时，可以要求商家提供扣除金额的合法依据，并有权拒绝不合理的扣款。

2. 违约金与损害赔偿：

   • 即使商家与消费者之间有约定违约金或损害赔偿条款，该条款也应当合理且符合法律法规的规定。如果约定的违约金过高或过低，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以调整。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

三、实际操作建议

1. 查看合同条款：

   • 消费者在遇到商家逾期退款时，首先应当查看与商家签订的合同或退款协议，了解其中关于逾期退款和扣款的约定。

2. 与商家协商：

   • 如果合同中没有明确约定扣款条款或消费者认为扣款不合理，可以与商家进行协商，寻求合理的解决方案。

3. 寻求法律援助：

   • 如果协商无果，消费者可以向消费者协会、市场监管部门等机构投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

总结来说，商家逾期退款是否会扣钱，取决于商家与消费者之间的约定以及相关法律法规的规定。消费者在遇到此类情况时，应当仔细查看合同条款，与商家进行协商，并在必要时寻求法律援助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。