行政诉讼原告上诉二审若发回重审后，程序将按照一审程序重新进行，具体如下：

1. 重新组成合议庭：

   • 发回重审的案件，原审人民法院应当按照第一审程序另行组成合议庭进行审理。这意味着原合议庭成员不得再参与该案的重新审理，以确保审判的公正性。

2. 重新审理与判决：

   • 原审人民法院在重新审理时，应重新进行法庭调查、法庭辩论等程序，对案件事实进行全面审查，并依据事实和法律作出新的判决。
   • 重新审理的案件不受二审法院发回重审裁定中意见的限制，即原审法院可以独立行使审判权，对案件进行全面、客观的审理。

3. 判决后的上诉权：

   • 当事人对重新作出的判决不服的，仍然享有上诉权。他们可以在判决书送达之日起十五日内向上一级人民法院提起上诉，以维护自己的合法权益。

4. 特殊情况的处理：

   • 如果二审法院认为原审判决违反法定诉讼程序，可能影响公正审判，而裁定撤销原判、发回重审的，原审人民法院在重新审理时，应特别注意纠正原程序上的错误，确保审判的合法性和公正性。
   • 若二审法院在发回重审的裁定中明确指出了原审判决在事实认定或法律适用上的错误，原审人民法院在重新审理时，应针对这些问题进行重点审查，并作出相应的纠正。