在行政赔偿案件中，如果申请人申请发回重审，二审法院的处理方式主要遵循以下步骤和原则：

1. 审查申请理由：二审法院首先会对申请人的发回重审申请进行详细审查，评估其是否符合法律规定的发回重审条件。这通常包括审查一审程序是否存在严重违法、事实认定是否错误或不清、法律适用是否正确等方面。

2. 决定是否发回：

   • 如果二审法院认为一审程序存在严重违法，如违反法定程序、剥夺当事人诉讼权利等，且这些违法情形可能影响案件公正审理，那么二审法院可能会裁定撤销原判，发回一审法院重新审理。
   • 如果二审法院认为一审程序虽然存在瑕疵，但并未影响案件公正审理，或者一审法院在事实认定、法律适用上并无明显错误，那么二审法院可能会驳回申请人的发回重审申请，并依法作出终审判决。

3. 明确发回重审的范围和指令：

   • 如果决定发回重审，二审法院会明确发回重审的范围，即哪些问题需要一审法院重新审理，哪些事实需要重新认定，哪些法律适用需要重新考量。
   • 同时，二审法院还会对一审法院提出具体的指令，如要求一审法院在重新审理过程中注意哪些程序问题，如何加强事实调查和法律适用等。

4. 监督发回重审过程：二审法院在发回重审后，仍会对一审法院的重新审理过程进行监督，确保一审法院按照二审法院的指令和要求进行审理，保障案件的公正、合法和有效。

综上所述，二审法院在处理行政赔偿案件中的发回重审申请时，会严格遵循法律规定的条件和程序，确保案件的公正、合法和有效审理。如果申请人对二审法院的处理决定有异议，可以依法提出申诉或上诉。