三方协议的生效并不绝对依赖于学校的盖章，但学校盖章对于增加协议公信力、保障毕业生权益及用人单位确认毕业生资质等方面具有重要意义。 以下是对此问题的详细分析：

一、三方协议的基本性质与目的

三方协议，全称为《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中权利和义务的书面协议。学校作为协议的一方主体，其参与和盖章体现了对协议内容的认可及愿意履行相关职责的承诺。

二、学校盖章的重要性

1. 增加协议公信力：学校盖章为协议增添了官方认证，提高了协议的公信力和法律效力，降低了毕业生遭遇就业欺诈的风险。
2. 保障毕业生权益：学校会对用人单位进行一定程度的审核，盖章意味着学校认可该用人单位及协议条款，有助于维护毕业生的合法权益。同时，学校可依据协议协助毕业生解决就业过程中的纠纷。
3. 确认毕业生资质：对于用人单位而言，学校盖章是对毕业生身份、学历等信息的真实性和有效性的证明，有助于用人单位放心录用。
4. 便于办理手续：在某些情况下，学校盖章的三方协议是用人单位办理接收毕业生手续的重要依据。

三、三方协议的签订流程与学校盖章的位置

1. 初步沟通与获取协议：毕业生应与用人单位进行充分沟通，了解岗位信息，并从学校或用人单位处获取三方协议模板。
2. 填写信息与单位审核：毕业生如实填写个人信息后，提交给用人单位审核，并由其在协议上加盖公章或合同专用章。
3. 学校审核与盖章：用人单位盖章后，毕业生将协议带回学校进行审核，学校相关部门在确认无误后盖章。此步骤并非协议生效的必要条件，但强烈推荐执行以增加协议的法律效力。学校盖章的位置通常会在协议中明确标注，一般是在学校作为协议一方的签署位置。
4. 留存协议：三方各执一份协议留存，以备后续需要。

四、特殊情况说明

在某些特殊情况下，如实习性质的简单协议或双方有明确约定且不涉及学校职责的协议，可能不需要学校盖章即有效。但对于正规的、涉及毕业生正式就业并需要学校履行相应职责的三方协议，建议按照正规流程完成学校盖章，以确保协议的合法性和有效性。

五、法律建议

1. 遵循正规流程：为了确保三方协议的合法性和有效性，建议毕业生和用人单位遵循包含学校盖章在内的正规签订流程。
2. 仔细阅读协议内容：在签订协议前，各方应仔细阅读协议内容，确保自己的权益和责任得到明确和保护。
3. 保持沟通：在三方协议签订过程中，毕业生应与用人单位和学校保持密切沟通，及时了解协议签订进度和可能出现的问题。

综上所述，虽然学校盖章不是三方协议生效的绝对必要条件，但在实际操作中，为了确保协议的合法性、有效性及毕业生的权益保障，建议遵循包含学校盖章在内的正规签订流程。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。