结论：商家扣除六千元是否合法，需根据具体情况判断，主要看双方合同约定、退货原因及商家实际损失情况。以下从不同角度进行分析：

一、合同约定角度

在货物买卖合同中，双方通常会就退货、退款及违约责任等事项进行明确约定。如果合同中明确规定了退货时商家可以扣除一定比例的费用作为违约金或损失赔偿，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么商家扣除六千元可能是合法的。

法律依据：

• 《中华人民共和国民法典》第五百八十五条：“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。”

二、退货原因角度

1. 买方原因退货：如果退货是由于买方的原因，如买方改变主意、买方无法支付货款等，且合同中没有特别约定，那么商家有权要求买方承担因此产生的合理损失。但商家扣除的费用应当合理，且需要提供证据证明其实际损失。如果商家无法证明其实际损失，或者扣除的费用明显过高，那么扣除六千元可能不合法。

2. 卖方原因退货：如果退货是由于卖方的原因，如卖方提供的货物存在质量问题、卖方无法按时交货等，那么买方有权要求退货并全额退款。在这种情况下，商家扣除六千元显然是不合法的。

三、商家实际损失角度

商家在扣除费用时，应当考虑其实际损失情况。如果商家因为买方退货而产生了实际损失，如货物贬值、运输费用、仓储费用等，且这些损失是合理的、必要的，那么商家有权要求买方承担这些损失。但商家扣除的费用应当与其实际损失相当，不能过高。

建议：

1. 查看合同：首先，买方应当仔细查看与商家签订的货物买卖合同，了解合同中关于退货、退款及违约责任等事项的约定。

2. 与商家协商：如果买方认为商家扣除的费用不合理，可以与商家进行协商，要求商家提供扣除费用的依据和计算方式。如果商家无法提供合理的依据或计算方式，买方可以拒绝支付。

3. 寻求法律帮助：如果协商无果，买方可以寻求法律帮助，向当地消费者协会或法律援助机构咨询，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

示例：

假设合同中明确约定了退货时商家可以扣除货物总价款的30%作为违约金或损失赔偿，且买方因为个人原因要求退货。那么，商家扣除六千元（即货物总价款16000元的37.5%，虽略高于30%，但如果商家能证明其实际损失接近此数额，仍有可能被认定为合理）在合同有明确约定且商家能证明实际损失的情况下，可能是合法的。但如果合同中没有约定或约定不明确，且商家无法证明其实际损失，那么扣除六千元则可能不合法。