行政机关在行政协议中一般不能主动提起诉讼，但特定情形下可作为被告应诉。以下是对这一问题的详细分析：
一、行政协议诉讼的原告资格
在行政协议诉讼中，原告通常是认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除行政协议的公民、法人或其他组织。这是因为行政协议是行政机关为实现公共利益或行政管理目标而与相对人订立的，行政机关在行政协议中通常处于主导地位，享有行政优益权。因此，当行政机关的行为侵犯相对人合法权益时，相对人有权提起诉讼寻求救济，而行政机关则作为被告应诉。
二、行政机关作为被告的情形
虽然行政机关不能主动提起行政协议诉讼，但在以下情形下，行政机关会作为被告出现在行政协议诉讼中：
不依法履行协议：行政机关未按照行政协议的约定履行义务，如未按时支付补偿款、未提供约定的服务等，相对人可以提起诉讼要求行政机关履行义务或承担违约责任。
未按照约定履行协议：行政机关虽然履行了协议，但履行的方式、标准等不符合协议约定，相对人同样可以提起诉讼要求行政机关纠正违约行为。
违法变更、解除协议：行政机关在无正当理由的情况下单方变更或解除行政协议，给相对人造成损失的，相对人可以提起诉讼要求确认行为违法并赔偿损失。
三、行政机关在行政协议诉讼中的角色与责任
在行政协议诉讼中，行政机关作为被告，需要承担举证责任，证明自己的行为合法、合理且符合协议约定。如果行政机关无法提供充分证据支持其主张，或者其行为确实存在违法、违约情形，法院将判决行政机关承担相应的法律责任，如继续履行协议、赔偿损失等。
四、行政协议诉讼的注意事项
起诉期限：相对人在发现行政机关存在违法行为或未按照协议履行义务时，应及时向人民法院提起诉讼，以免超过起诉期限而丧失诉讼权利。
证据准备：相对人在提起诉讼前，应收集并整理好相关证据，如行政协议文本、履行情况的证据等，以证明自己的主张。
法律适用：由于行政协议兼具行政性与合同性的特点，法院在审理行政协议案件时，既要适用行政诉讼法的规定，也要适用不与行政法、行政诉讼法抵触的民事法律规范关于合同的规定。
五、举例说明
假设某市政府与一家企业签订了一份土地征收补偿协议，约定市政府在征收企业土地后，应按照约定标准支付补偿款。然而，在协议履行过程中，市政府未按时支付补偿款，企业认为市政府的行为侵犯了其合法权益，于是向人民法院提起行政诉讼。在此案例中，企业作为原告，市政府作为被告，法院将根据行政诉讼法的规定和协议约定，审理并判决市政府是否应承担违约责任。
综上所述，行政机关在行政协议中一般不能主动提起诉讼，但在特定情形下会作为被告应诉。如果您在行政协议方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。