以公司名义卖种子化肥是否违法及处罚方式需分情况讨论，具体如下：

1. 合法经营情形
   若公司具备合法资质（如《农作物种子生产经营许可证》《肥料登记证》等），且经营行为符合《种子法》《肥料管理条例》等规定，则属于合法经营，不构成违法。此时公司需确保：
   

• 种子质量符合国家标准（如纯度、净度、发芽率等）；
  
• 肥料成分与登记内容一致，无虚假标注；
  
• 销售行为遵守价格、广告等相关法律法规。
  结论：合法经营无需处罚，但需持续符合监管要求。

1. 违法经营情形及处罚
   若公司存在以下行为，则可能面临行政处罚或刑事责任：
   

• 无证经营：未取得种子/肥料生产经营许可证擅自销售，由农业农村部门责令停止经营，没收违法所得，并处违法所得1-3倍罚款（无违法所得的，处1000元以上3万元以下罚款）。
  
• 销售伪劣产品：
  
  • 若种子/肥料质量不符合标准（如发芽率不足、有效成分虚假），按《产品质量法》处罚：责令改正，没收违法产品，并处货值金额50%-3倍罚款；情节严重的，吊销营业执照。
    
  • 若造成农业生产损失，需承担民事赔偿责任；构成犯罪的（如生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子罪），处3年以下有期徒刑或拘役，并处或单处销售额50%-2倍罚金；后果特别严重的，处3-7年有期徒刑，并处销售额50%-2倍罚金。
    
• 标签违法：未按规定标注种子/肥料信息（如品种名称、生产日期、使用说明等），由农业农村部门责令改正，处2000元以上2万元以下罚款。
  
• 跨区域经营：种子未按规定经省级审定或引种备案，或肥料未在销售地登记，按无证经营处理。

1. 特殊情形
   

• 网络销售：需遵守《电子商务法》，在首页公示营业执照及许可证信息，否则由市场监管部门责令限期改正，可处1万元以上10万元以下罚款。
  
• 进口种子/肥料：需取得农业部核发的《进口农作物种子许可证》或《进口肥料登记证》，否则按走私处理，可能涉及海关处罚及刑事责任。

建议：公司应严格审核资质，建立质量管控体系，定期自查标签及宣传内容，避免因违法经营遭受处罚。若已涉及违法，需立即停止销售，配合调查，并咨询律师制定应对方案。