关于村上要求进行行驶证登记是否合法的问题，这主要取决于当地的法律法规以及具体的管理政策。不过，我可以从一般性的角度，结合您提供的参考信息，来给您一个相对全面的解答。

首先，我们需要明确的是，行驶证是机动车合法上路行驶的重要凭证，它记录了车辆的基本信息、车主信息以及车辆的技术参数等。在大多数情况下，无论是城市还是乡村，机动车（包括电动车，如果它们被归类为机动车的话）都需要进行登记并取得行驶证，才能合法上路行驶。

现在，我们来看您提供的参考信息：

1. 对于合规的新国标电动自行车，只要具备完整的证照，包括合格证和3C证书，就能够顺利上牌并上路行驶。这意味着，如果村上的电动自行车符合新国标，并且已经取得了相应的证照，那么进行行驶证登记是合法的，也是必要的。

2. 对于过渡期内的非标电动车，只要已经悬挂临时牌照，并且在备案登记的截止日期之前，这些电动车依然可以合法上路。这同样说明了，即使是非标电动车，在特定条件下也需要进行登记（包括临时牌照的登记），才能合法上路。

3. 对于合规的电动二轮摩托车和电动三轮摩托车，它们需要申报工信部目录，获得公告认证，并拥有车辆一致性证书、产品合格证等文件，然后才能上牌并上路。这也强调了登记和取得行驶证的重要性。

综合以上信息，我们可以得出以下结论：

• 在大多数情况下，村上要求进行行驶证登记是合法的，也是为了确保机动车能够合法上路行驶，保障道路交通安全。
• 如果您的车辆符合当地的法律法规和登记要求，那么您应该积极配合村上的登记工作，及时办理行驶证。
• 如果您对村上的登记要求有疑问或不满，建议您先了解当地的法律法规和政策，然后与村上或相关部门进行沟通协商，寻求合理的解决方案。

最后，我想强调的是，无论在城市还是乡村，我们都应该遵守交通法规，确保自己的车辆合法上路，共同维护道路交通安全和秩序。希望这个解答能够对您有所帮助。