父子一户两宅的合法性取决于具体情况，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
合法的情形
通过合法继承取得：
- 根据我国法律规定，继承人可以继承被继承人的房屋并获得相应宅基地使用权，即使已拥有一处宅基地。例如，父亲去世后，儿子继承了父亲的房屋和宅基地使用权，此时儿子拥有两处宅基地（一处是继承的，一处是原有的），这种情况是合法的。
宅基地总面积符合标准：
- 如果两处宅基地的总面积未超过当地规定的宅基地面积标准，这种一户两宅通常也是合法的。比如，当地规定一户宅基地面积标准是200平方米，而父子两处宅基地总面积未超过这个标准，那么他们的两处宅基地就是合法的。
因管理部门衔接问题造成：
- 在过去农村宅基地管理不规范时，可能因管理部门衔接不畅导致一户两宅。只要能证明是管理部门的问题且村民无过错，这种情况也可认定为合法。例如，由于历史原因，某户村民的宅基地在登记时出现了重复，但村民本身并无过错，且两处宅基地均符合使用条件，那么这种情况下的两处宅基地也是合法的。
符合分户条件但未分户：
- 如果父子实际上已经符合分户条件，但由于户籍管理制度等原因尚未分户，他们拥有两处宅基地，在后续完成分户手续后，可合法化。例如，儿子已经成年并结婚，但尚未与父母分户，此时他们共同拥有一处宅基地，同时儿子又通过合法途径获得了另一处宅基地，那么在完成分户手续后，这两处宅基地就可以分别归属于两个家庭，成为合法的两处宅基地。
历史遗留问题：
- 由于历史原因或政策调整导致的一户多宅情况，需结合具体历史背景和当时政策环境判断其合法性。如果符合相关规定，也可能被视为合法。例如，在某个特定历史时期，由于政策允许或鼓励农民多建房屋，导致某户村民拥有了两处宅基地，且这两处宅基地均符合当时的使用条件，那么这种情况下的两处宅基地就是合法的。
实际使用情况合规：
- 两处宅基地的使用均符合相关规定，没有违反其他法律条款。例如，一处用于居住，另一处用于农业生产或其他合法用途，且均符合当地宅基地使用规定和环保要求等。
不合法的情形
未经批准私自建造：
- 父子未经任何合法审批程序擅自在集体土地上建造第二处住宅，违反了《土地管理法》等相关法律法规，属于违法占地建房。这种情况下，第二处宅基地及其上的房屋是不合法的，可能会面临被拆除或罚款等法律后果。
通过非法手段获取：
- 采用欺骗、贿赂等不正当手段取得第二处宅基地的审批手续，严重违反了法律规定，所取得的宅基地权益不受法律保护。这种情况下，第二处宅基地也是不合法的，可能会面临被撤销审批手续、收回宅基地等法律后果。
综合考量因素
- 宅基地分配原则：农村地区通常遵循“一户一宅”的原则，但也要考虑分户后的合法拥有情况。在判断一户两宅是否合法时，需要综合考虑宅基地的分配原则、使用情况以及当地的具体政策规定。
- 法律法规与地方性规定：不同地区可能有具体的宅基地管理规定，需查阅并遵守当地的相关法律法规及政策文件。例如，某些地区可能对宅基地的面积、位置、使用方式等有具体规定，这些规定是判断一户两宅是否合法的重要依据。
- 历史性因素：考虑历史遗留问题和政策调整对一户多宅情况的影响。在判断一户两宅是否合法时，需要结合具体的历史背景和当时的政策环境进行分析和判断。
- 实际使用情况：评估宅基地的实际使用是否符合相关规定和法律条款。例如，宅基地的使用是否符合环保要求、是否影响了邻居的合法权益等，这些都是判断一户两宅是否合法的重要因素。
建议：如果您或您身边的人面临父子一户两宅的情况，且不确定其合法性，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况和当地的相关法律法规及政策文件，为您提供准确的法律意见和指导。