结论：主合同被判定为非法集资的合同，所做的保证书在大多数情况下是无效的，但也存在一些特殊情况可能使保证书部分有效或担保人承担一定的民事责任。以下是对此问题的详细分析：
一、保证书无效的情形
主合同无效导致保证书无效：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十三条，若主合同（如借款合同）因违反法律法规的强制性规定（如非法集资）而无效，那么作为从合同的保证书也将随之无效。
- 在非法集资案件中，由于非法集资行为扰乱了国家金融秩序，违反了相关金融管理法规，因此与之相关的主合同通常会被认定为无效。当主合同无效时，若担保人（保证人）无过错，则不承担民事责任；若有过错（如明知借款人进行非法集资仍提供担保），则需承担不超过债务人不能清偿部分三分之一的民事责任。
保证书与主合同一体性原则：
- 保证书在一般的法律关系中具有从属性，其效力通常依附于主合同。因此，当主合同因非法集资而无效时，保证书也自然无效，无论担保人是否知晓借款的非法性。
二、保证书可能有效的情形
尽管保证书通常随主合同无效而无效，但在某些特殊情况下，保证书可能仍然有效或担保人需承担一定的民事责任：
担保人不知情且无过错：
- 如果担保人能够证明自己对非法集资行为不知情，且没有参与或协助该行为，同时保证行为本身符合法律规定的要件（如具备相应的民事行为能力、意思表示真实等），那么在某些情况下，法院可能会根据具体情况认定保证书部分有效或担保人承担一定的民事责任。然而，这种情况在实践中较为罕见，且需要严格的证据支持。
独立有效的约定或法律另有规定：
- 如果保证书符合《中华人民共和国民法典》规定的有效要件，并且主合同虽然涉及非法集资，但保证书中存在独立有效的约定，或者法律另有规定保证书可以独立于主合同效力，那么保证书可能仍然有效。但这种情况同样相对少见，且需要具体的法律条款和事实依据来支持。
三、法律建议与风险提示
审慎审查主合同合法性：
- 在签订保证书前，担保人应务必审慎审查主合同的合法性及资金用途，以避免卷入不必要的法律风险。如果发现主合同涉及非法集资等违法行为，应坚决拒绝提供担保。
了解并行使撤销权：
- 如果担保人是在受欺诈、胁迫等违背真实意思的情况下提供的担保，那么根据法律规定，担保人有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该保证书。在保证书被撤销之前，它仍然是有效的；但一旦被撤销，则自始无效。
警惕非法集资活动：
- 无论保证书效力如何认定，非法集资活动本身就是违法的，参与者将面临严重的法律风险和经济损失。因此，公众应提高警惕，避免参与任何形式的非法集资活动，以保护自己的财产安全和合法权益。
总结：主合同被判定为非法集资的合同，所做的保证书在大多数情况下是无效的。但具体效力还需根据主合同的合法性、保证书的独立性以及担保人的主观意愿等多种因素进行综合判断。如果您或您身边的人涉及此类问题，请直接向我咨询，我将根据具体情况为您提供专业的法律意见和帮助。