结论：对方可以以个人名义与公司签订租房协议用于经营超市，但需满足一定条件并注意相关法律风险。以下从不同角度进行分析：
一、个人名义签订租房协议的合法性
法律主体资格：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人（即个人）具有民事权利能力和民事行为能力，可以独立进行民事活动，包括签订合同。因此，从法律主体资格的角度来看，个人是有权与公司签订租房协议的。
合同内容合法性：
- 租房协议的内容只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法的。因此，如果租房协议中明确约定了房屋用途为经营超市，且该用途不违反当地规划、消防等相关规定，那么该协议就是合法的。
二、个人名义签订租房协议需注意的法律风险
个人信用与履约能力：
- 与公司相比，个人的信用和履约能力可能相对较弱。如果个人在签订租房协议后无法按时支付租金或履行其他义务，公司可能面临较大的风险。因此，在签订协议前，公司应对个人的信用状况和履约能力进行充分评估。
房屋用途变更风险：
- 如果个人在签订租房协议后擅自改变房屋用途，如将原本用于经营超市的房屋用于其他非商业用途，或者进行违法活动，公司可能面临房屋被相关部门查处、合同被解除等风险。因此，在协议中应明确约定房屋用途，并设置相应的违约责任条款。
租赁期限与续租问题：
- 个人作为承租人，其租赁期限可能受到个人生活、工作等因素的影响而发生变化。如果租赁期限较短或存在不确定性，公司可能面临频繁寻找新承租人的风险。因此，在签订协议时，应尽量约定较长的租赁期限，并明确续租的条件和程序。
三、建议与措施
对个人进行尽职调查：
- 在签订租房协议前，公司应对个人的身份、信用状况、履约能力等进行尽职调查，以确保其具备签订和履行协议的能力。
明确协议条款：
- 在租房协议中，应明确约定房屋用途、租赁期限、租金支付方式、违约责任等关键条款，以避免未来可能出现的纠纷。
考虑担保或保证金：
- 为了降低风险，公司可以要求个人提供担保或支付一定数额的保证金，以确保其能够按时履行协议义务。
及时咨询专业律师：
- 在签订租房协议前或遇到相关法律问题时，公司应及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和建议。
如果您在房产租赁或合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。