在公司起诉控股股东的案件中，举证责任的分配主要遵循“谁主张，谁举证”的一般原则，但也会根据具体案情和法律规定有所调整。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、一般原则：谁主张，谁举证
在民事诉讼中，举证责任通常遵循“谁主张，谁举证”的原则。这意味着，如果公司作为原告，起诉控股股东存在某种违法行为或违约行为，那么公司需要承担举证责任，即提供足够的证据来证明其主张的事实成立。这些证据可能包括书面合同、交易记录、会议纪要、电子邮件、短信、证人证言等。
二、特殊情况下的举证责任转移
虽然“谁主张，谁举证”是基本原则，但在某些特殊情况下，举证责任可能会发生转移。例如：
法律规定的特殊情形：如果法律或司法解释明确规定了在某些特定情况下，举证责任应由被诉方（即控股股东）承担，那么公司就无需承担该部分事实的举证责任。然而，在公司起诉控股股东的案件中，这种情况相对较少见。
举证妨碍或举证不能：如果控股股东掌握着关键证据，但故意隐匿、销毁或拒绝提供，导致公司无法获取这些证据来证明其主张，那么根据法律规定或法院的裁量，举证责任可能会部分或全部转移给控股股东。这通常要求公司能够证明控股股东确实掌握着这些证据，并且存在故意隐匿、销毁或拒绝提供的行为。
三、具体案情下的举证责任分配
在实际操作中，举证责任的分配还会受到具体案情的影响。例如：
合同纠纷：如果公司起诉控股股东违反了合同约定，那么公司需要提供合同文本、交易记录等证据来证明控股股东确实存在违约行为。如果控股股东主张合同存在无效或可撤销的情形，那么控股股东需要承担举证责任，证明合同存在无效或可撤销的法定事由。
侵权纠纷：如果公司起诉控股股东侵犯了其合法权益（如知识产权、商业秘密等），那么公司需要提供证据证明其合法权益受到侵害的事实，以及控股股东的侵权行为与损害结果之间的因果关系。控股股东如果主张其没有侵权或存在免责事由，则需要承担相应的举证责任。
四、法律建议
充分准备证据：作为原告，公司应尽可能收集、整理并保存与案件相关的所有证据，包括书面文件、电子数据、证人证言等。这些证据应能够形成完整的证据链，以支持公司的主张。
了解法律规定：公司应熟悉相关法律法规和司法解释，了解在特定情况下举证责任的分配原则。这有助于公司在诉讼中更好地应对控股股东的抗辩和反驳。
寻求专业帮助：如果公司对举证责任分配或诉讼程序存在疑问，建议寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体案情和法律规定，为公司提供有针对性的法律建议和诉讼策略。
总之，在公司起诉控股股东的案件中，举证责任的分配主要遵循“谁主张，谁举证”的原则，但也会受到具体案情和法律规定的影响。公司应充分准备证据，了解法律规定，并在必要时寻求专业律师的帮助，以更好地维护自身合法权益。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。