公司制度制定的合法程序主要包括以下几个关键步骤：

1. 制度起草与准备：

   • 明确目的与范围：首先，公司需要明确制定制度的目的，是为了规范公司管理、保障员工权益、还是为了符合法律法规要求等。同时，确定制度的适用范围，即哪些部门、哪些员工或哪些行为将受到该制度的约束。
   • 收集资料与调研：在起草制度前，公司应收集相关的法律法规、行业规范以及公司内部已有的相关规章制度，进行充分的调研和分析，确保新制度的合法性和合理性。
   • 起草制度文本：根据调研结果，结合公司实际情况，起草制度文本。文本应条理清晰、语言准确，明确各项条款的具体内容和要求。

2. 内部审议与修改：

   • 内部审议：制度文本起草完成后，应提交给公司相关部门或员工代表进行审议。审议过程中，应充分听取各方面的意见和建议，对制度文本进行必要的修改和完善。
   • 修改完善：根据审议意见，对制度文本进行修改，确保制度内容更加符合公司实际情况和法律法规要求。

3. 合法性审查：

   • 法律审查：在制度正式发布前，应邀请专业律师或法律顾问对制度文本进行合法性审查。审查内容包括制度是否违反法律法规、是否侵犯员工权益、是否存在法律漏洞等。
   • 合规性确认：经过法律审查后，确认制度文本符合法律法规要求，不存在合规性问题。

4. 职工代表大会或全体职工讨论（针对涉及员工切身利益的制度）：

   • 讨论与提出意见：如果制度涉及员工的切身利益，如薪酬福利、工作时间、休息休假等，应提交给职工代表大会或全体职工进行讨论。员工有权提出意见和建议，公司应认真听取并考虑员工的合理诉求。
   • 协商与确定：在讨论过程中，公司与员工应进行充分的协商，就制度内容达成共识。如果无法达成一致意见，公司应根据法律法规和公司实际情况，做出合理决策。

5. 董事会或股东会审议通过（针对公司级制度）：

   • 审议与表决：对于公司级的规章制度，如公司章程、重大管理制度等，应提交给董事会或股东会进行审议和表决。审议过程中，应充分讨论制度内容，确保制度符合公司发展战略和股东利益。
   • 通过与发布：经过审议和表决后，如果制度获得通过，公司应及时发布制度文本，并通知全体员工遵守执行。

6. 公示与告知：

   • 公示制度文本：制度发布后，公司应在公司内部显著位置公示制度文本，确保员工能够随时查阅和了解制度内容。
   • 告知员工：除了公示外，公司还应通过培训、会议等方式向员工告知制度内容，确保员工对制度有充分的理解和认识。

7. 执行与监督：

   • 执行制度：制度发布后，公司应严格按照制度内容执行，确保各项规定得到有效落实。
   • 监督与检查：公司应建立监督机制，定期对制度执行情况进行检查和评估。对于违反制度的行为，应及时进行纠正和处理。

在制定公司制度时，还需注意以下几点：

• 确保制度内容合法合规：制度内容应严格遵守国家法律法规和行业规范，不得侵犯员工权益或违反公序良俗。
• 注重制度可操作性：制度内容应具体明确、可操作性强，避免过于抽象或模糊不清的条款。
• 保持制度稳定性与灵活性相结合：制度应具有一定的稳定性，避免频繁修改；同时，也应根据实际情况和法律法规变化及时进行调整和完善。

如有任何关于公司制度制定或执行方面的法律问题，可以直接向我咨询。