结论：自由船员个人所得税从工资里扣是否合法，需分情况讨论，一般情况下合法，但需满足法定条件；若不满足条件则不合法。以下为详细分析：
一、合法情况
代扣代缴义务：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》第九条，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。对于自由船员而言，如果其工资由船公司或相关支付单位发放，那么这些单位作为扣缴义务人，有权按照法律规定从船员工资中代扣代缴个人所得税。
税率与税额计算：
- 扣缴义务人需根据《中华人民共和国个人所得税法》规定的税率和税额计算方法，准确计算应扣缴的税额。自由船员的工资收入属于综合所得的一部分，应按照年度综合所得计算个人所得税，并适用相应的税率表进行计算。如果扣缴义务人按照法定税率和税额计算方法进行了代扣代缴，那么这种行为是合法的。
申报与缴纳：
- 扣缴义务人需按照《中华人民共和国税收征收管理法》的规定，及时向税务机关申报并缴纳代扣代缴的个人所得税。如果扣缴义务人按时完成了申报和缴纳义务，那么其从船员工资中代扣代缴个人所得税的行为也是合法的。
二、不合法情况
未履行代扣代缴义务：
- 如果扣缴义务人未按照法律规定履行代扣代缴义务，如未从船员工资中代扣个人所得税或未按时向税务机关申报缴纳，那么这种行为是不合法的。此时，税务机关有权对扣缴义务人进行处罚，并要求其补缴税款和滞纳金。
超额扣缴或错误扣缴：
- 如果扣缴义务人在代扣代缴过程中存在超额扣缴或错误扣缴的情况，如错误地适用了税率或计算了税额，导致船员实际缴纳的个人所得税多于应缴纳的金额，那么这种行为也是不合法的。此时，船员有权要求扣缴义务人进行更正并退还多缴的税款。
三、建议与注意事项
船员方面：
- 自由船员应了解自己的纳税义务和权利，确保扣缴义务人正确履行了代扣代缴义务。如果发现扣缴义务人存在违法行为或错误扣缴的情况，应及时向税务机关举报或要求更正。
扣缴义务人方面：
- 船公司或相关支付单位作为扣缴义务人，应严格遵守税收法律法规，准确计算并代扣代缴船员的个人所得税。同时，应建立健全的税务管理制度和内部控制机制，确保税务申报和缴纳的准确性和及时性。
税务机关方面：
- 税务机关应加强对扣缴义务人的监管和检查力度，确保其正确履行代扣代缴义务。对于发现的违法行为或错误扣缴情况，应及时进行处理并依法追究相关责任人的法律责任。
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