结论：当年离职时如果已经休了年休假，公司是否会扣钱，这主要取决于是否多休了年假以及公司对此的具体处理方式。一般来说，如果多休了年假，公司有权扣除相应工资或要求返还已支付的报酬；如果未多休，则公司不应扣钱。
分析说明：
年假的性质与规定：
- 年假是劳动者依法享有的带薪休假权利，其天数根据员工的累计工作年限确定。
- 根据《职工带薪年休假条例》及相关规定，员工应享受的年假天数有明确规定，公司应据此安排员工休假。
多休年假的处理方式：
- 扣除相应工资：如果员工在离职前已享受超过其应得年假的天数，这通常被视为不当得利。在此情况下，公司有权在员工离职结算时扣除该部分年假对应的工资。
- 要求返还已支付报酬：若公司已提前支付了多休年假的工资，公司同样有权要求员工返还这部分不当得利。
未多休年假的情况：
- 如果员工在离职前未多休年假，即已休年假天数未超过其应得天数，则公司无权扣除员工工资或要求返还报酬。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”但此条并不排除因员工多休年假而扣除相应工资的情况，前提是这种扣除是合法且合理的。
- 实际操作中，需结合劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规进行综合判断。例如，如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了多休年假的处理方式，则应按照约定执行。
特殊情况处理：
- 若公司与员工在劳动合同或规章制度中有特别约定（如允许员工在离职前预支年假），则按约定执行。
- 若因公司原因导致员工多休年假（如排班错误），公司可能需承担相应责任，如支付员工多休年假期间的工资等。
操作建议：
- 核实年假天数：在员工离职前，公司应仔细核算其实际应享受的年假天数和已休年假天数，以确定是否存在多休情况。
- 沟通协商：如果发现多休情况，公司应及时与员工沟通并说明原因，争取友好解决。这有助于维护良好的劳动关系，避免不必要的法律纠纷。
- 书面确认：双方就处理方式达成一致后，应签订书面协议明确权利义务。这有助于确保双方权益得到保障，并在未来可能出现的纠纷中提供有力证据。
- 合法操作：公司在扣除工资或要求返还报酬时，应确保行为符合法律法规和公司制度。否则，可能面临法律风险和声誉损失。
可能后果：
- 如果公司未经合法程序擅自扣除员工工资或要求返还报酬，员工有权向劳动保障行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资报酬并可能获得赔偿金。
- 如果员工多休年假且公司未及时处理，可能导致公司财务损失和内部管理混乱。因此，公司应建立健全的年假管理制度，确保员工年假的合理安排和有效管理。
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