结论：在您已经退还偷转女朋友的三万元且被害方同意调解的情况下，法院是否还会起诉，取决于多种因素，但通常情况下，如果双方已经达成调解协议且履行完毕，法院一般不会主动启动诉讼程序。不过，也存在一些特殊情况，下面我将从多个角度为您详细分析。
一、调解协议的法律效力
调解协议是双方当事人在平等、自愿的基础上，通过协商达成的解决纠纷的协议。一旦调解协议达成并履行完毕，它通常具有法律上的约束力，意味着双方已经就纠纷的解决达成了共识，并且已经按照协议履行了各自的义务。在这种情况下，如果调解协议内容合法、有效，且已经履行完毕，那么被害方通常不会再向法院提起诉讼。
二、可能引发诉讼的特殊情况
尽管调解协议具有法律效力，但也存在一些特殊情况，可能导致法院仍然会介入或被害方提起诉讼：
调解协议存在无效或可撤销情形：如果调解协议是在欺诈、胁迫等不正当手段下达成的，或者协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议可能被认定为无效或可撤销。在这种情况下，被害方有权向法院提起诉讼，要求确认协议无效或撤销协议，并重新解决纠纷。
调解协议未完全履行：如果调解协议中约定了某些义务，但一方未按照协议履行，那么另一方有权向法院提起诉讼，要求对方履行协议或承担违约责任。不过，在您的情况下，由于您已经退还了偷转的三万元，这一情形似乎并不适用。
被害方反悔或新情况出现：虽然调解协议已经达成并履行完毕，但如果被害方事后反悔，或者出现了新的情况（如发现了新的证据、损失扩大等），被害方也可能选择向法院提起诉讼。不过，这种情况相对较少见，且需要满足一定的法律条件。
三、法律建议
确保调解协议的合法性和有效性：在达成调解协议时，务必确保协议内容合法、有效，且双方都是在平等、自愿的基础上达成的共识。如果可能的话，可以请律师协助起草或审查调解协议，以确保其法律效力。
保留相关证据：为了应对可能出现的诉讼风险，建议您保留好与调解协议相关的所有证据，如转账记录、调解协议文本、双方签字确认的文件等。这些证据在未来的诉讼中可能起到关键作用。
及时沟通协商：如果被害方事后反悔或出现了新情况，建议您及时与被害方进行沟通协商，尝试通过友好方式解决纠纷。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。
最后，虽然您已经退还了偷转的三万元且被害方同意调解，但为了确保自身权益不受损害，建议您继续关注此事的发展，并在必要时寻求专业法律帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。