结论：店里鞋子丢失26双，员工不承认，该事件可能涉及盗窃或经济纠纷，具体取决于证据和事实情况。以下从不同角度进行分析：
一、盗窃角度
法律定义：
- 盗窃是指以非法占有为目的，秘密窃取公私财物的行为。若员工确实存在秘密窃取店内鞋子的行为，且数额较大（通常根据当地标准，如达到一定金额或数量），则可能构成盗窃罪。
证据要求：
- 要证明员工构成盗窃罪，需要充分的证据支持，如监控录像显示员工偷窃、员工承认偷窃的书面或录音证据、其他员工的证言等。
- 若仅有鞋子丢失，而无直接证据证明是员工所为，则难以直接认定员工构成盗窃罪。
法律后果：
- 若员工被证实构成盗窃罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役或罚金等，具体根据盗窃数额和情节严重程度而定。
二、经济纠纷角度
法律定义：
- 经济纠纷通常指因经济权利和经济义务的矛盾而引起的争议。若鞋子丢失是由于管理不善、员工疏忽或内部流程问题导致，而非员工故意偷窃，则可能构成经济纠纷。
证据与事实：
- 在经济纠纷中，需要查明鞋子丢失的具体原因，如是否因员工疏忽导致鞋子被误拿、丢失，或因管理不善导致鞋子被盗但无法确定具体责任人。
- 若能证明鞋子丢失与员工故意偷窃无关，而是由于其他原因导致，则更倾向于认定为经济纠纷。
解决方式：
- 经济纠纷通常通过协商、调解或民事诉讼等方式解决。若双方无法达成一致，可以寻求法律途径，如提起民事诉讼，要求赔偿损失。
三、综合分析与建议
收集证据：
- 首先，应尽快收集相关证据，如监控录像、员工证言、出入库记录等，以查明鞋子丢失的具体原因和责任人。
报警处理：
- 若怀疑员工构成盗窃罪，应及时向公安机关报案，由公安机关进行调查取证。
内部调查：
- 同时，店内也应进行内部调查，了解鞋子丢失的具体情况，包括是否因管理不善或员工疏忽导致。
法律咨询：
- 在处理此类事件时，建议咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的法律策略。
进一步思考：在处理此类事件时，应保持冷静和理性，避免盲目指责或采取过激行为。通过合法途径收集证据、查明事实，并根据实际情况选择合适的解决方式。若您对此类事件有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。