结论：单位在没有法人协议书的情况下，仅有经办、审核签字和公章，该文件是否有效需分情况讨论，具体取决于文件类型、公司章程规定以及相关法律法规的要求。以下从不同角度进行分析：

一、文件类型与有效性

1. 合同类文件：

   • 一般原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的有效性主要取决于当事人的意思表示是否真实、合法，以及是否符合法律、行政法规的强制性规定。法人协议书并非合同生效的必备要件，但合同上需有有权代表或授权代表签字，并加盖公司公章，以表明公司对合同内容的认可。
   • 特殊情况：若合同涉及特定事项，如重大资产转让、对外担保等，可能需根据公司章程或相关法律法规的规定，由法定代表人或特定授权人员签字并加盖公章。在此情况下，若缺乏法人协议书（可能指法定代表人签字或特定授权文件），但合同上有经办、审核签字并加盖了公章，且经办、审核人员具备相应权限，该合同仍可能被认定为有效，但可能面临一定的法律风险，如被质疑签字人员的权限或合同的真实性。

2. 非合同类文件：

   • 如决议、报告等：这类文件的有效性通常取决于公司章程或内部管理制度的规定。若公司章程或内部管理制度未明确规定必须由法定代表人签字，且文件上有经办、审核签字并加盖了公章，该文件一般可被认定为有效。

二、公司章程与内部规定

• 公司章程的约束力：公司章程是公司内部的“宪法”，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。若公司章程明确规定了文件签署的程序和要求，如必须由法定代表人签字或特定授权人员签字，则缺乏法人协议书（即法定代表人签字或特定授权文件）的文件可能因违反公司章程而无效。
• 内部管理制度的补充：除公司章程外，公司还可能制定内部管理制度，对文件签署的程序和要求进行进一步细化。若内部管理制度与法律、行政法规不冲突，且得到公司股东会、董事会的认可，则同样具有约束力。

三、法律风险与防范

• 法律风险：缺乏法人协议书（即法定代表人签字或特定授权文件）的文件，在对外签署时可能面临被质疑签字人员权限、合同真实性等法律风险。一旦发生纠纷，公司可能需承担举证责任，证明签字人员的权限和合同的真实性。
• 防范措施：为降低法律风险，公司应完善内部管理制度，明确文件签署的程序和要求。对于重要文件，应要求法定代表人或特定授权人员签字，并加盖公司公章。同时，公司应加强对经办、审核人员的培训和管理，确保其具备相应的权限和专业知识。

四、实际操作建议

• 完善文件签署流程：公司应制定明确的文件签署流程，包括文件的起草、审核、签字、盖章等环节，并明确各环节的责任人和权限。
• 加强内部培训：公司应定期对经办、审核人员进行培训，提高其法律意识和业务水平，确保其能够正确理解和执行公司文件签署的规定。
• 建立档案管理制度：公司应建立完善的档案管理制度，对签署的文件进行归档保存，以便在需要时进行查阅和举证。

总结：单位在没有法人协议书的情况下，仅有经办、审核签字和公章，该文件是否有效需根据文件类型、公司章程规定以及相关法律法规的要求进行综合判断。为降低法律风险，公司应完善内部管理制度，明确文件签署的程序和要求，并加强对经办、审核人员的培训和管理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。