结论：在三调建设用地上盖了十一年的厂子是否违法，不能一概而论，需要结合该建设用地的具体性质、用途、审批手续以及相关法律法规来判断。以下从多个角度进行分析：

1. 建设用地性质与用途：

   • 如果该建设用地原本就是规划为工业用地，且符合当地的土地利用总体规划和城乡规划，那么在该用地上建设厂房，并经过了合法的审批手续，那么这种行为通常是合法的。
   • 如果该建设用地原本并非规划为工业用地，或者虽然规划为工业用地但存在其他限制条件（如环保、安全等），而未经批准擅自改变用途建设厂房，那么这种行为就可能构成违法。

2. 审批手续：

   • 建设厂房需要办理一系列审批手续，包括但不限于土地使用权证、建设工程规划许可证、施工许可证等。如果这些手续齐全且合法，那么建设行为就是合法的。
   • 如果未经批准或者未按照批准的内容进行建设，那么这种行为就可能构成违法建设，需要承担相应的法律责任。

3. 相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。
   • 如果建设行为违反了环保、安全等方面的法律法规，也可能需要承担相应的法律责任。

4. 历史遗留问题：

   • 对于已经存在了十一年的厂房，如果其建设行为在当时并未受到相关部门的查处，且现在仍然符合当地的土地利用总体规划和城乡规划，那么可能存在一定的历史遗留问题。在这种情况下，建议咨询当地相关部门或者律师，了解具体的处理方式和政策。

建议：

• 如果您对该厂房的建设行为是否合法存在疑问，建议首先查阅相关的土地使用权证、建设工程规划许可证等审批手续，确认其是否齐全且合法。
• 如果审批手续存在问题或者您不确定其合法性，建议咨询当地自然资源主管部门或者律师，了解具体的法律政策和处理方式。
• 如果该厂房的建设行为确实存在违法情况，建议尽快采取措施进行整改或者拆除，以避免承担更大的法律责任。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。