已经变更建设用地建厂房是否违法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、土地性质变更的合法性基础
规划与审批要求：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，土地用途的变更需经过严格的规划和审批程序。若原土地为农村集体土地或未规划为建设用地的土地，擅自变更为建设用地并建厂房，属于违法行为。
- 合法变更土地性质需经过土地管理部门和城市规划部门的批准，并重新签订土地使用权出让合同（如涉及国有土地），调整土地使用权出让金，并办理登记手续。
集体土地与国有土地的区别：
- 对于集体土地，若需变更为建设用地，需符合土地利用总体规划和城乡规划，并经过本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意。
- 对于国有土地，变更用途需经过出让方（如政府）的同意，并办理相关审批手续。
二、违法变更土地性质的法律后果
行政处罚：
- 未经批准擅自变更土地性质并建厂房的，可能面临土地管理部门的行政处罚，包括责令停止违法行为、限期拆除或没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状，并处罚款。
刑事责任：
- 在极端情况下，如非法转让、倒卖土地使用权情节严重，可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
三、合法变更土地性质并建厂房的流程
申请与审批：
- 向当地土地管理部门和城市规划部门提交土地用途变更申请，提供相关规划、设计文件及集体决策同意证明（如涉及集体土地）。
- 等待审批结果，如获得批准，则按照批准的内容和要求进行土地性质变更和厂房建设。
签订合同与登记：
- 如涉及国有土地，需与出让方重新签订土地使用权出让合同，调整土地使用权出让金。
- 办理土地使用权变更登记手续，确保土地权属清晰。
四、建议与风险提示
咨询专业意见：
- 在进行土地性质变更和厂房建设前，建议咨询当地土地管理部门、城市规划部门或专业律师，确保操作合法合规。
风险防范：
- 避免擅自变更土地性质，以免面临行政处罚和刑事责任。
- 如已存在违法变更土地性质并建厂房的情况，建议尽快采取补救措施，如申请补办审批手续或拆除违法建筑。
总结来看，已经变更建设用地建厂房是否违法，取决于是否经过合法的规划和审批程序。如未经批准擅自变更土地性质并建厂房，则属于违法行为，可能面临行政处罚和刑事责任。因此，在进行土地性质变更和厂房建设前，请务必咨询专业意见并确保操作合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。