公司有加班调休政策但设置时间限制，这一做法在法律上通常是允许的，但具体是否合法需结合地区、行业及公司政策的具体规定来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律法规层面
一般原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在安排劳动者加班后，应优先安排调休以补偿劳动者的休息时间。然而，法律并未明确规定调休的具体时间限制。这意味着，公司有权在法律框架内自行设定调休的时间限制。
特殊情形下的限制：
- 在某些特定情况下，如法定节假日加班，法律规定必须支付加班费而非调休（除非另有约定且符合当地法规）。这表明，在特定情境下，调休可能不是唯一的补偿方式，且需遵循更严格的法律规定。
- 对于实行综合计算工时工作制或不定时工作制的岗位，调休的具体安排可能更加灵活，但仍需遵循相关法律法规和劳动合同中的约定。这些特殊工时制度下的调休政策，可能因岗位性质而有所不同。
二、公司政策层面
内部规章制度：
- 大多数公司会制定自己的考勤管理制度或员工手册，其中会明确加班调休的相关规定，包括调休的有效期、申请流程等。例如，有的公司规定加班调休需在一年内使用完毕，逾期未使用的视为自动放弃；有的公司则允许跨年度调休，但需经过特定审批程序。这些规定是公司内部管理的一部分，只要不违反法律法规，即具有法律效力。
劳动合同约定：
- 劳动合同中也可能包含关于加班调休的特别约定。如果劳动合同中有明确规定，则应按照合同约定执行。这意味着，员工在签订劳动合同时，应仔细阅读并理解合同中关于加班调休的条款，以确保自己的权益得到保障。
三、实际操作建议
了解公司政策：
- 员工应仔细阅读公司的考勤管理制度或员工手册，了解自己的加班调休权益和限制条件。这有助于员工在加班后，合理规划自己的调休时间，避免因不了解政策而错过调休机会。
及时沟通确认：
- 如对加班调休政策有疑问或需要调整调休计划，应及时与人力资源部门或上级主管沟通确认。通过沟通，员工可以更好地理解公司政策，同时也有助于公司了解员工的需求，从而做出更合理的安排。
保留相关证据：
- 为避免纠纷，员工应妥善保留加班记录、调休申请单等相关证据。这些证据在发生争议时，可以作为证明员工加班和调休情况的重要依据。
总结来说，公司有加班调休政策但设置时间限制，这一做法在法律上通常是允许的。但具体是否合法，需结合地区、行业及公司政策的具体规定来判断。作为员工，应了解并遵守公司政策，同时保留好相关证据，以维护自己的合法权益。如果您对公司的加班调休政策有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。