结论：是否可以在违约流程未完成的情况下再去学校申请一份三方协议，需分情况讨论，主要取决于学校规定和原三方协议的违约条款，以下为具体分析：
学校规定层面
- 不同学校对于三方协议的申请和管理有不同的规定。有些学校可能允许学生在违约流程未完成时重新申请一份三方协议，但通常会要求学生提供合理的理由，并可能需要经过一定的审批程序，比如提交原三方协议的违约说明、新单位的接收证明等材料。
- 另一些学校则可能规定，在学生未完成原三方协议的违约流程前，不得再次申请新的三方协议，以避免学生随意违约、频繁更换就业单位，维护就业市场的秩序和学校的声誉。
原三方协议违约条款层面
- 三方协议通常包含违约条款，明确规定了违约方应承担的责任和义务，包括违约金的支付、违约流程的完成等。如果学生已经支付了违约金，但违约流程尚未完成（如未取得原单位的书面同意解除协议的证明等），那么从法律角度讲，学生仍然处于违约状态。
- 在这种情况下，学生能否再次申请新的三方协议，不仅取决于学校的规定，还可能受到原三方协议中违约条款的限制。如果原协议中明确规定了违约后不得再申请新的三方协议，或者需要完成特定程序后才能申请，那么学生就需要遵守这些规定。
建议：
- 了解学校规定：首先，你应该详细了解所在学校关于三方协议申请和管理的具体规定，包括是否允许在违约流程未完成时重新申请、需要提交哪些材料、经过哪些审批程序等。
- 咨询原单位：其次，你应该与原单位沟通，了解他们对于你违约的具体要求和流程，确保你能够按照要求完成违约程序。
- 谨慎决策：在了解学校和原单位的规定和要求后，你应该谨慎决策是否要再次申请新的三方协议。如果你决定申请，那么请确保你能够遵守相关规定和要求，避免给自己带来不必要的麻烦和损失。
如果你在处理三方协议违约和重新申请过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会为你提供专业、详细的解答。