建筑公司内部协议不能对抗第三人的主要理由，可以从以下几个方面进行详细阐述：
合同相对性原则：
- 合同相对性原则是合同法的基本原则之一，它指的是合同主要在特定的合同当事人之间发生法律约束力，只有合同当事人一方能基于合同向对方提出请求或提起诉讼，而不能向与其无合同关系的第三人提出合同上的请求，也不能擅自为第三人设定合同上的义务。建筑公司内部协议，作为公司内部的一种约定，其效力范围通常仅限于协议双方，即建筑公司及其内部相关方，而不应及于外部第三人。因此，根据合同相对性原则，建筑公司不能以其内部协议来对抗不知情的第三人。
保护交易安全与善意第三人利益：
- 在商业交易中，保护交易安全和善意第三人的利益是至关重要的。如果允许建筑公司以其内部协议来对抗第三人，那么将可能导致第三人在交易过程中面临不确定性和风险，从而损害交易的安全和稳定。例如，如果建筑公司与供应商签订了一份采购合同，但随后又以内部协议为由拒绝履行合同义务，那么供应商作为善意第三人，其合法权益将受到侵害。因此，为了保护交易安全和善意第三人的利益，法律通常不允许建筑公司以其内部协议来对抗第三人。
法律规定的公示公信原则：
- 公示公信原则是物权法的一项基本原则，它指的是物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定进行公示，以使公众知晓物权的变动情况，并信赖该公示而进行交易。虽然这一原则主要适用于物权领域，但其背后的理念同样适用于合同领域。在建筑公司的交易中，如果建筑公司的内部协议没有以适当的方式向公众公示，那么第三人就无法知晓该协议的存在和内容，从而无法根据该协议来调整自己的交易行为。因此，根据公示公信原则，建筑公司不能以其未公示的内部协议来对抗不知情的第三人。
防止内部协议成为逃避法律责任的工具：
- 如果允许建筑公司以其内部协议来对抗第三人，那么建筑公司可能会利用这一漏洞来逃避其应承担的法律责任。例如，建筑公司可能会与其关联方签订一份内部协议，将本应由建筑公司承担的责任转移给关联方，从而逃避对第三人的赔偿责任。这种行为不仅损害了第三人的合法权益，也破坏了市场的公平竞争秩序。因此，为了防止内部协议成为逃避法律责任的工具，法律通常不允许建筑公司以其内部协议来对抗第三人。
总结与建议：
建筑公司内部协议不能对抗第三人的理由主要基于合同相对性原则、保护交易安全与善意第三人利益、法律规定的公示公信原则以及防止内部协议成为逃避法律责任的工具。因此，建筑公司在与外部第三人进行交易时，应当确保其交易行为的合法性和有效性，避免以其内部协议来对抗第三人。如果建筑公司确实需要以其内部协议来约束某些行为或分配某些责任，那么应当通过合法的方式将该协议的内容向公众公示，或者在与第三人签订合同时明确约定相关条款，以确保交易的公平、公正和透明。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。