“双方的协议不能对抗善意第三人”这一原则，主要依据的是《中华人民共和国民法典》中的相关规定。具体来说，可以从以下几个角度来详细解释：

1. 法律依据：

   • 《中华人民共和国民法典》第四百六十五条：依法成立的合同，受法律保护，且仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。这一条款确立了合同相对性的基本原则，即合同主要在特定的合同当事人之间发生法律拘束力。然而，当合同涉及第三方权益，且第三方为善意时，合同内部约定不能对抗该第三方的合法权益。
   • 《中华人民共和国民法典》第五百四十五条：关于债权转让的规定中，也体现了不得对抗善意第三人的原则。特别是当事人约定非金钱债权不得转让的，不得对抗善意第三人；约定金钱债权不得转让的，不得对抗第三人。这一条款进一步明确了在债权转让场景下，善意第三人的权益保护。

2. 善意第三人的界定：

   • 善意第三人指的是在某交易行为中，不知且不应当知道存在影响交易效力因素，基于对交易外在表象的合理信赖而参与交易的第三方。这里的“善意”强调主观上无恶意、无重大过失。
   • 在法律上，善意第三人的权益受到特别保护，因为他们的信赖是基于对交易外在状态的合理判断，而非对合同内部约定的知情。

3. 实际应用与案例分析：

   • 以房屋买卖为例，如果甲将房屋卖给乙并签订合同但未过户，后又将该房卖给不知情的丙并完成过户。尽管甲乙合同在先，但丙作为善意第三人，基于对登记状态的信赖购买房屋并取得所有权。此时，乙不能以甲乙之间的合同约定对抗丙，只能要求甲承担违约责任。
   • 另一个例子是动产抵押。如果甲以汽车为抵押物向乙借款并签订合同但未办理登记，后甲将车卖给不知情的丙。丙因汽车无抵押公示而善意取得所有权，乙的抵押权不能对抗丙，只能向甲主张违约责任。

4. 意义与目的：

   • 保护交易安全：通过确保善意第三人在交易中的权益，维护整体交易秩序和安全。
   • 平衡利益：在合同双方与第三方之间寻求利益平衡，防止利用内部约定损害第三方合法权益。

总结来说，“双方的协议不能对抗善意第三人”是合同法中的一个重要原则，它体现了法律对交易安全、善意第三人权益的保护，以及合同相对性与第三方权益之间的平衡。如果你在合同纠纷中遇到类似问题，或者对善意第三人的权益保护有进一步疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答和建议。