关于“结清证明盖合同章是否有效”的问题，这主要涉及到印章使用的合法性和证明文件的效力认定。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确合同章和公章在法律效力上的区别。合同章，通常用于签署合同等法律文件，以证明双方对合同内容的认可和接受。而公章，则是单位或组织在法律文件上使用的正式印章，具有更高的法律效力，通常用于证明文件的真实性、合法性和权威性。
在结清证明这类文件上，理论上使用公章会更为稳妥，因为公章具有更强的法律效力和公信力。然而，这并不意味着合同章就完全无效。如果合同章是真实、合法且经过授权使用的，且结清证明的内容真实、准确，那么这份结清证明在法律上也是具有一定的效力的。但需要注意的是，其效力可能相较于使用公章的证明文件会稍弱一些。
为了确保结清证明的法律效力，建议您在可能的情况下尽量使用公章。如果确实只能使用合同章，那么请确保以下几点：
合同章的真实性和合法性：确保所使用的合同章是真实、合法且经过单位或组织授权使用的，避免使用伪造或非法获取的印章。
证明内容的真实性和准确性：结清证明的内容必须真实、准确，能够反映双方之间的债权债务关系已经结清的事实。
符合相关法律法规：在制作和使用结清证明时，应遵守相关法律法规的规定，确保文件的合法性和有效性。
此外，如果结清证明需要用于法律诉讼或其他正式场合，建议您咨询专业律师或法律机构的意见，以确保文件的法律效力和合规性。
综上所述，结清证明盖合同章在特定条件下是有效的，但为了确保其法律效力和公信力，建议您在可能的情况下尽量使用公章，并确保证明内容的真实性和准确性。