关于农村自建房出租当仓库是否合法的问题，这主要取决于多个因素的综合考量。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性判断依据
房屋合法审批情况：
- 农村自建房在建造时，必须取得宅基地使用证、乡村建设规划许可证等合法证件。若房屋未经合法审批建造，则其出租行为本身就存在违法性。
- 若房屋建造时合法，但后续将房屋用途变更为仓库出租，需经过相关部门的批准，如当地乡镇政府或相关职能部门的同意。未经批准擅自改变用途，可能构成违法。
土地用途规划：
- 农村宅基地原本用于村民居住，若未经依法批准擅自将其改为仓库出租，即改变了土地的原有用途，这违反了《土地管理法》的相关规定。
- 土地用途的改变需符合当地的土地利用总体规划和城乡规划，否则将面临法律制裁。
安全环保要求：
- 仓库若存储的物品可能产生噪音、废气、废水等污染，需确保通过环保部门的审批验收，符合《环境保护法》的要求。
- 仓库的建筑结构需满足生产安全要求，消防设施需完备且符合《消防法》的规定，以确保人员和财产的安全。
租户经营许可：
- 若仓库用于特定生产经营活动，租户需持有相应的许可证或资质。如食品存储需食品经营许可证等。
- 出租方有责任确保租户具备合法经营资格，否则可能因协助非法经营而被认定违法。
二、合法出租的条件
若农村自建房出租当仓库满足以下条件，则此出租行为是合法的：
- 房屋建造时取得了合法证件，且后续用途变更经过了相关部门的批准。
- 土地用途符合当地规划，未擅自改变土地性质。
- 仓库满足安全环保要求，通过相关部门的审批验收。
- 租户具备合法经营资格，持有相应许可证或资质。
三、建议与注意事项
- 咨询当地部门：在出租前，建议咨询当地乡镇政府或相关职能部门，了解房屋用途变更的具体要求和流程。
- 完善手续：确保房屋建造和用途变更的所有手续齐全、合法，以避免后续纠纷。
- 关注安全环保：仓库的运营需严格遵守安全环保法规，确保人员和财产的安全。
- 租户资质审核：对租户的经营资格进行严格审核，确保其具备合法经营资格。
综上所述，农村自建房出租当仓库的合法性需综合考虑多个因素。若满足合法审批、土地用途规划、安全环保要求以及租户经营许可等条件，则此出租行为是合法的。否则，可能面临法律制裁。因此，在出租前务必进行充分了解和咨询，以确保合法合规。