在环境公益行政诉讼中，举证责任主体主要包括被告（环境行政机关）和原告（公民、法人或其他组织），但以被告承担主要举证责任为原则。以下是对这一问题的详细分析：
一、被告（环境行政机关）的举证责任
行政行为合法性的举证：
- 法律依据与事实证据：被告必须提供作出行政行为所依据的法律、法规、规章及规范性文件，并出示充分的事实材料，如监测数据、现场检查记录、影像资料等，以证明行为的合法性。例如，在环境行政处罚案件中，被告需证明企业存在超标排放等违法行为，并明确处罚所依据的具体法律条款。
- 程序合法的举证：被告还需证明其行政行为程序合法，包括立案、调查取证、告知当事人权利、举行听证（如符合条件）、作出处罚决定、送达等程序，并提供相应的程序性文件，如立案审批表、听证通知书等。
行政不作为的举证：
- 若原告以被告不作为为由提起诉讼，被告需证明其未履行职责有合法合理的理由，如因不可抗力、程序限制等。例如，对于环境许可申请未及时处理的情况，被告需证明是因申请材料缺失并已依法告知申请人补充。
二、原告（公民、法人或其他组织）的举证责任
初步证明责任：
- 利害关系证明：原告需提供证据证明其与被诉行政行为有利害关系，如居住证明、受影响程度等。这是原告提起诉讼的基本条件之一。
- 行政不作为的初步证据：在以不作为为由的诉讼中，原告需提供向行政机关提出申请的证据，如举报信、电话记录等，以证明其已履行了前置程序。
损害事实的举证（部分案件）：
- 在涉及实际损害的案件中，如行政赔偿诉讼，原告需提供损害事实的证据，如停产期间的经济损失报告、健康损害医疗证明等。这些证据用于支持原告的赔偿请求。
三、特殊情况下的举证责任分配
因果关系举证的特殊情况：
- 在环境污染导致的侵权纠纷中，由于因果关系的复杂性和专业性，可能由被告承担证明污染行为与损害结果之间不存在因果关系的举证责任。这种举证责任倒置的规定，旨在保护受害者的合法权益，减轻其举证负担。
法院的调查取证权：
- 人民法院在环境行政诉讼中有权要求当事人提供或补充证据，并可向相关行政机关、组织或个人调取证据，以确保案件的公正审理。这一权力有助于弥补当事人举证能力的不足，促进案件事实的查明。
四、举证不能的法律后果
如果环境行政主体无法提供充分的证据来证明其具体行政行为的合法性和合理性，将面临败诉的法律后果。同样，如果原告无法提供初步证据证明其与被告行为有利害关系或遭受损害，其诉讼请求也可能被驳回。
总结来说，在环境公益行政诉讼中，举证责任主要由被告（环境行政机关）承担，原告负责提供初步证据，并在特定情况下承担一定的举证责任。双方应根据具体案情和法律规定，充分准备并提交相关证据，以支持各自的主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。