放射诊疗许可证逾期未校验，即使发现后及时申请，仍可能面临行政处罚，但及时申请校验及整改可作为从轻或减轻处罚的考量因素。以下从不同角度进行分析：

1. 法律法规的明确规定
   根据《放射诊疗管理规定》第十七条，医疗机构需定期对放射诊疗设备和场所进行校验，未按规定校验的，由卫生行政部门责令限期改正，并可处一定金额的罚款。法律并未将“及时申请”作为免除处罚的直接依据，而是以“是否完成校验”及“是否存在危害后果”为核心判断标准。若逾期未校验期间未造成患者健康损害或辐射安全事故，行政机关可能酌情从轻处罚；但若已产生实际危害，处罚力度可能加重。

2. 行政处罚的裁量原则
   行政机关在处罚时需遵循《行政处罚法》的“过罚相当”原则，综合考虑违法行为的事实、性质、情节及社会危害程度。及时申请校验可体现医疗机构的主观改正意愿，属于“主动消除或减轻危害后果”的情形，根据《行政处罚法》第三十二条，可能被依法从轻或减轻处罚。但需注意，若逾期时间过长（如超过校验周期的50%以上），或存在多次逾期记录，行政机关可能认为主观过错明显，仍会予以处罚。

3. 实务中的操作建议

   • 立即补办校验：发现逾期后应第一时间向卫生行政部门提交校验申请，并附上设备检测报告、场所防护评估等材料，证明已具备继续开展放射诊疗的条件。
     
   • 主动报告与整改：书面说明逾期原因（如设备故障、人员变动等），承诺加强内部管理，并提交整改方案（如建立定期自查机制、培训相关人员）。
     
   • 配合调查：若行政机关启动调查，需积极配合提供证据，避免隐瞒或拖延，以争取从宽处理。
     

总结：及时申请校验不能直接免除行政处罚，但可作为从轻或减轻处罚的依据。医疗机构应优先确保合规运营，若已发生逾期，需通过主动整改、配合调查等方式降低处罚风险。如有具体案例或地方性规定疑问，可直接向我咨询。