对于有放射诊疗许可证的医疗机构偷偷使用未经许可的放射诊疗设备的情况，该医疗机构将面临行政处罚，具体处罚措施包括警告、责令限期改正，并可以根据情节处以3000元以下的罚款；情节严重的，还可能被吊销其《医疗机构执业许可证》。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

根据《放射诊疗管理规定》（国家卫生和计划生育委员会令第8号，2016年修正本）第三十八条的规定，医疗机构有下列情形之一的，由县级以上卫生行政部门给予警告、责令限期改正，并可以根据情节处以3000元以下的罚款；情节严重的，吊销其《医疗机构执业许可证》：

• （三）未经批准擅自变更放射诊疗项目或者超出批准范围从事放射诊疗工作的。

二、处罚措施的具体应用

1. 警告与责令限期改正：

   • 当卫生行政部门发现医疗机构存在偷偷使用未经许可的放射诊疗设备的情况时，首先会给予警告，并责令其限期改正。这是为了促使医疗机构立即停止违法行为，并采取措施纠正。

2. 罚款：

   • 根据违法情节的轻重，卫生行政部门还可以对医疗机构处以3000元以下的罚款。罚款的数额会根据具体情况进行裁量，以体现处罚的公正性和合理性。

3. 吊销《医疗机构执业许可证》：

   • 如果医疗机构的违法行为情节严重，如多次违规、拒不改正或造成严重后果等，卫生行政部门有权吊销其《医疗机构执业许可证》。这将导致医疗机构无法继续从事放射诊疗活动，对其经营产生重大影响。

三、实际案例与处罚裁量

在实际执法过程中，卫生行政部门会根据医疗机构的违法情节、后果严重程度以及整改态度等因素进行综合裁量。例如，某医院因超出《放射诊疗许可证》批准范围使用未经核准登记的放射诊疗设备，被卫生行政部门给予警告，并处以1000元罚款的行政处罚。这一案例表明，即使违法情节不是特别严重，医疗机构也可能面临罚款等行政处罚。

四、建议与措施

1. 加强内部管理：

   • 医疗机构应建立健全内部管理制度，确保放射诊疗设备的采购、使用和管理符合法律法规要求。同时，应加强对医护人员的培训和教育，提高其法律意识和合规意识。

2. 定期自查与整改：

   • 医疗机构应定期进行自查，及时发现并纠正存在的问题。对于发现的违法违规行为，应立即停止并采取措施进行整改，以避免受到更严厉的处罚。

3. 积极配合执法检查：

   • 当卫生行政部门进行执法检查时，医疗机构应积极配合并提供必要的资料和协助。这有助于卫生行政部门更准确地了解情况并作出公正的处罚决定。

作为专业律师，我建议医疗机构在从事放射诊疗活动时务必严格遵守相关法律法规要求，确保设备的合法性和安全性。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。