全民所有制企业承包经营合同在性质上通常属于民事合同，而非行政协议。以下从多个角度进行分析：
一、合同性质判断依据
合同主体与目的：
- 全民所有制企业承包经营合同是全民所有制企业（发包方）与承包方（可以是企业职工、其他企业或个人）之间，就企业承包经营事宜达成的协议。
- 其目的在于明确双方在承包经营期间的权利义务关系，实现企业的经济效益最大化，而非行使行政管理职权或履行行政职责。
合同内容与条款：
- 承包经营合同通常包含承包期限、承包形式、承包指标、双方权利义务、违约责任等条款，这些条款主要围绕企业的生产经营活动展开，具有民事合同的典型特征。
- 合同双方地位平等，自愿协商，遵循等价有偿原则，这与行政协议中行政机关与相对人之间的不平等地位有本质区别。
法律适用与争议解决：
- 承包经营合同纠纷通常适用《中华人民共和国民法典》等民事法律规范进行调解和裁判。
- 争议解决方式包括协商、调解、仲裁或诉讼等民事途径，而非行政复议或行政诉讼等行政途径。
二、与行政协议的区别
主体关系不同：
- 行政协议中，一方是行政机关，另一方是公民、法人或其他组织，双方地位不平等，行政机关享有行政优益权。
- 承包经营合同中，双方地位平等，都是民事主体，不存在行政优益权的问题。
目的与内容不同：
- 行政协议的目的是为了实现行政管理目标或公共服务职能，内容通常涉及行政许可、行政征收、行政给付等行政行为。
- 承包经营合同的目的是为了明确企业承包经营期间的权利义务关系，实现企业的经济效益最大化，内容主要围绕企业的生产经营活动。
法律适用与争议解决不同：
- 行政协议纠纷通常适用行政法律规范进行调解和裁判，争议解决方式包括行政复议和行政诉讼。
- 承包经营合同纠纷则适用民事法律规范进行调解和裁判，争议解决方式包括协商、调解、仲裁或诉讼等民事途径。
三、特殊情况说明
虽然全民所有制企业承包经营合同在性质上通常属于民事合同，但在某些特殊情况下，如果合同中包含了行政机关的行政管理职权或履行行政职责的内容，或者合同双方的地位明显不平等，那么该合同可能被认定为行政协议。然而，这种情况在全民所有制企业承包经营合同中较为罕见。
总结与建议：
全民所有制企业承包经营合同在性质上通常属于民事合同。在签订和履行合同过程中，双方应遵循民事法律规范，明确各自的权利义务关系，确保合同的合法性和有效性。如果遇到合同纠纷或法律问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。