核心结论：针对您描述的“从甲方购房但房屋登记在乙方名下”的情形，合同需明确三方权利义务关系，重点防范产权风险与交易风险。以下为具体合同设计要点及风险提示：

一、合同主体与法律关系界定

1. 明确三方身份
   合同需列明甲方（实际卖方）、乙方（产权登记人）、您（买方）三方主体，并注明甲方与乙方的法律关系（如委托代持、借名购房、共有关系等）。若甲方与乙方为委托代持关系，需附上经公证的《代持协议》作为合同附件。

2. 约定产权归属条款
   在合同中明确约定：“乙方确认房屋实际所有权归甲方所有，甲方有权处分该房屋。乙方应于收到买方支付的全部购房款后XX日内，配合办理产权过户手续至买方名下。”

二、交易流程与风险防控

1. 付款条款设计

   • 资金监管：建议将购房款支付至第三方监管账户（如银行或律师事务所监管账户），约定分阶段放款条件（如过户前支付80%，过户后支付20%）。
     
   • 违约责任：若甲方或乙方拒绝过户，需约定高额违约金（建议为房款的20%-30%），并明确违约金不足以弥补损失时可追加赔偿。

2. 过户时间节点
   合同需明确约定过户期限（如“自本合同签订之日起XX日内”），并设置逾期过户的催告程序与解除权条款（如“逾期超过15日，买方有权单方解除合同并要求赔偿”）。

三、特殊风险应对条款

1. 产权纠纷处理
   若房屋存在查封、抵押或共有权人异议等权利瑕疵，需约定：“甲方应于合同签订前披露全部权利负担，若因甲方隐瞒导致交易失败，甲方应双倍返还定金并赔偿装修损失、律师费等。”

2. 乙方不配合过户的救济
   增加“强制执行条款”：“若乙方拒不配合过户，买方有权直接向法院申请强制执行，甲方与乙方承担连带责任。”同时，可要求乙方签署《授权委托书》（公证处公证），授权甲方或买方单方办理过户手续。

四、合同形式与效力保障

1. 合同形式要求
   根据《民法典》第469条，房屋买卖合同需采用书面形式。建议采用当地房管部门提供的示范文本，并补充上述特殊条款。

2. 公证与见证

   • 合同公证：可对合同进行公证，增强证据效力。
     
   • 付款公证：若采用分期付款，可办理提存公证，确保付款与过户条件挂钩。

五、示例条款（节选）

第三条 产权归属与过户  
3.1 乙方确认，标的房屋实际所有权归甲方所有，乙方仅为名义登记人，无权处分该房屋。  
3.2 甲方应于收到买方支付的全部购房款后5个工作日内，通知乙方配合办理过户手续。乙方应在收到通知后3个工作日内，携带身份证、产权证等材料至不动产登记中心签署过户文件。  

第六条 违约责任  
6.1 若甲方或乙方拒绝履行过户义务，应向买方支付房款总额30%的违约金，并赔偿买方因此产生的律师费、诉讼费等全部损失。  
6.2 若因乙方原因导致房屋被查封或抵押，甲方应于查封/抵押解除后3日内继续履行合同，否则按6.1条承担违约责任。

风险提示：此类交易存在“一房二卖”、产权纠纷、政策限制（如限购）等风险，建议交易前委托律师核查房屋产权状况、甲方与乙方的法律关系，并全程参与合同起草与谈判。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体条款设计。