当国有农用地的使用权登记期满时，其处置方式主要依据土地用途以及相关法律法规来确定。以下是对这一问题的详细解答：
首先，需要明确的是，国有农用地使用权期满后的处理，并不完全等同于住宅或非住宅建设用地的处理方式，但我们可以借鉴相关法律框架和原则来进行说明。在大多数情况下，国有农用地的使用权期满，其核心原则也是围绕是否续期、如何续期以及不续期的后果来展开。
一、关于续期
依法申请续期：对于国有农用地，如果使用权人希望继续使用该土地，通常需要依法向相关部门（如自然资源部门）提出续期申请。这一申请过程可能涉及提交一系列材料，如续期申请书、土地使用情况报告等，并可能需要缴纳一定的土地出让金或其他相关费用。
续期审批：提交续期申请后，相关部门会对申请进行审批。审批过程中，会考虑土地的使用状况、是否符合土地利用总体规划、是否满足环保要求等因素。如果审批通过，使用权人将继续享有该土地的使用权，并可能需要签订新的土地使用合同或协议。
二、关于不续期的处理
土地使用权收回：如果使用权人未提出续期申请，或者申请续期未获批准，那么土地使用权将由国家无偿收回。这是基于土地公有制的原则，确保土地资源的合理利用和有效管理。
地上附着物处理：在土地使用权被收回时，对于地上的农作物、林木、建筑物等附着物，通常会根据其残余价值给予相应的补偿。但具体的补偿标准和程序，需要遵循相关法律法规和地方政策的规定。这可能涉及评估附着物的价值、确定补偿方式（如货币补偿、实物补偿等）以及补偿的支付时间等。
三、特殊情况下的处理
提前收回：在某些特殊情况下，如因公共利益的需要（如修建基础设施、进行生态保护等），国家可能会提前收回国有农用地的使用权。此时，使用权人有权获得相应的补偿，补偿标准和程序同样需要遵循相关法律法规和地方政策。
土地用途变更：如果国有农用地的用途发生变更（如从农用地变更为建设用地），那么可能需要重新签订土地出让合同，并调整出让年限和费用。这一过程中，同样需要遵循相关法律法规和审批程序。
建议：
综上所述，国有农用地使用权期满后的处置方式主要取决于是否续期以及相关法律法规和地方政策的规定。希望以上解答能对您有所帮助。如有更多疑问，建议咨询当地自然资源部门或法律专业人士。