关于“房租协议书中先交房租后交转让费是否合法”的问题，结论是：这种约定本身并不违法，但具体合法性需结合协议内容、双方真实意思表示及实际履行情况综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 协议约定的合法性基础

• 意思自治原则：根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，对当事人具有法律约束力。只要双方在协议中明确约定“先交房租后交转让费”，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定（如未涉及非法转租、逃税等），即具有法律效力。
• 履行顺序的约定：合同中可以约定履行顺序（如《民法典》第五百二十六条关于先履行抗辩权的规定）。若协议明确将“交房租”作为“交转让费”的前提条件，且双方对此无异议，则该约定合法有效。

2. 需注意的潜在风险

• 转让费的性质：若转让费涉及店铺装修、设备、客户资源等无形资产的补偿，需确保转让行为符合租赁合同约定（如原租赁合同是否允许转租）。若原合同禁止转租，则后续转让费约定可能因主合同无效而受影响。
• 显失公平或欺诈：若一方利用优势地位迫使对方接受不合理条款（如转让费远高于市场价），或存在隐瞒关键信息（如店铺即将拆迁），可能构成可撤销合同（《民法典》第一百五十一条）。
• 实际履行情况：若一方未按约定履行（如拒交房租或转让费），另一方可依据协议主张违约责任，但需保留证据（如转账记录、沟通记录等）。

3. 实务建议

• 明确协议条款：在协议中详细列明房租和转让费的金额、支付方式、时间节点及违约责任，避免模糊表述。例如：

  
   甲方应于XX年XX月XX日前支付首期房租XX元；乙方应于甲方支付首期房租后XX日内，支付转让费XX元。
  

• 审查原租赁合同：确保转租行为已获原房东书面同意，避免因违法转租导致协议无效。
• 保留证据：支付款项时备注用途（如“XX年XX月房租”），并要求对方出具收据，以证明履行情况。

4. 特殊情形处理

• 若协议未明确履行顺序：根据《民法典》第五百一十条，双方可协商补充约定；协商不成时，可参照交易习惯或合同目的确定。
• 若一方拒不履行：守约方可发送书面催告函，要求限期履行；逾期仍不履行的，可解除合同并主张赔偿损失。

总结：先交房租后交转让费的约定本身合法，但需确保协议内容清晰、无违法情形，并注意实际履行中的风险防范。若有具体协议条款或纠纷细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析。