结论：网贷两万扣了3000手续费是否合法，需根据具体情况判断，但通常情况下，如此高额的手续费很可能不合法，涉嫌变相高利贷或违反相关金融监管规定。以下从多个角度进行分析：
一、手续费合法性的判断标准
法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关金融法规，借贷双方约定的利率和费用应当合理，不得违反国家有关限制借款利率的规定。虽然直接针对网贷手续费的明确规定可能因地区和具体法规而异，但一般原则是手续费应合理且透明，不得变相提高借款成本。
- 此外，《关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》中，对于民间借贷的利率有明确限制，即利率不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍。虽然这一规定主要针对的是利息，但手续费作为借款成本的一部分，也应受到合理性的约束。
手续费合理性判断：
- 手续费应当与借款服务的内容、风险等相匹配。如果手续费过高，明显超出了正常服务范围，那么很可能被视为不合法或不合理。
- 在本案中，借款两万却扣除3000手续费，手续费占比高达15%，这显然远高于一般网贷平台的手续费水平，因此很可能被视为不合法。
二、可能涉及的法律后果
变相高利贷：
- 如果手续费被认定为变相提高借款利率，那么该行为可能构成变相高利贷，违反相关金融法规。
- 在这种情况下，借款人有权要求返还超出法定利率部分的手续费或利息，并可能向相关监管机构投诉或寻求法律救济。
违反金融监管规定：
- 网贷平台作为金融机构，其业务活动应受到金融监管机构的严格监管。如果手续费设置不合理，可能违反金融监管规定，面临监管处罚。
- 对于借款人而言，如果因手续费问题与网贷平台产生纠纷，可以向当地金融监管机构投诉或寻求法律帮助。
三、建议与措施
核实手续费明细：
- 借款人应仔细核对借款合同中的手续费条款，确保手续费金额、计算方式等明确无误。
- 如果发现手续费存在不合理或不明确的情况，应及时与网贷平台沟通并要求解释或调整。
寻求法律帮助：
- 如果借款人认为手续费不合法或不合理，且无法与网贷平台达成一致意见，可以寻求专业律师的法律帮助。
- 律师可以根据具体情况分析手续费合法性，并帮助借款人制定合适的维权策略。
向监管机构投诉：
- 如果网贷平台存在违规行为，借款人可以向当地金融监管机构投诉，要求监管机构对网贷平台进行调查和处理。
举例说明：假设某网贷平台规定借款两万需扣除3000元手续费，且未在合同中明确说明手续费的具体用途和计算方式。在这种情况下，借款人可以认为手续费不合法或不合理，并有权要求网贷平台返还部分或全部手续费。如果网贷平台拒绝返还，借款人可以通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：网贷两万扣了3000手续费是否合法需根据具体情况判断，但通常情况下如此高额的手续费很可能不合法。如果你遇到类似问题或有其他法律疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。