结论：甲方单方面认为经济合同诈骗金额超过了5万，并不能直接决定由民事诉讼转为刑事诉讼。是否转为刑事诉讼，需依据具体事实和法律规定，由公安机关或检察机关依法决定。

详细分析：

1. 民事诉讼与刑事诉讼的本质区别：

   • 民事诉讼：主要解决平等主体之间的财产关系和人身关系纠纷，如合同纠纷、侵权纠纷等。其目的是通过法律手段保护当事人的合法权益，恢复或补偿受损的利益。
   • 刑事诉讼：则涉及犯罪行为的追究和惩罚，由国家公诉机关（如检察院）代表国家对犯罪嫌疑人提起公诉，旨在维护社会秩序和公共利益。

2. 合同诈骗的刑事立案标准：

   • 合同诈骗罪是指以非法占有为目的，在签订、履行合同过程中，采取虚构事实或者隐瞒真相等欺骗手段，骗取对方当事人的财物，数额较大的行为。
   • 根据《刑法》及相关司法解释，合同诈骗罪的立案标准通常涉及诈骗数额的大小。然而，并非只要诈骗金额超过一定数额（如5万）就必然构成刑事犯罪。还需要考虑诈骗手段、情节严重程度、是否造成严重后果等多方面因素。

3. 民事诉讼转为刑事诉讼的条件：

   • 民事诉讼中，如果发现案件涉及犯罪行为，且该犯罪行为与民事纠纷有直接关联，法院可能会将案件移送公安机关或检察机关处理。但这一决定并非由当事人单方面决定，而是由法院根据案件事实和法律规定作出。
   • 在经济合同纠纷中，如果甲方认为乙方存在诈骗行为，且诈骗金额较大，甲方可以向公安机关报案。但公安机关是否立案侦查，还需根据报案材料、证据情况以及相关法律规定进行综合判断。

4. 建议与行动指南：

   • 对于甲方：如果认为乙方存在合同诈骗行为，且诈骗金额较大，建议首先收集相关证据（如合同、转账记录、沟通记录等），然后向公安机关报案。同时，也可以考虑在民事诉讼中主张对方存在欺诈行为，要求撤销合同或赔偿损失。但需注意，民事诉讼和刑事诉讼是两条不同的法律途径，不能相互替代。
   • 对于乙方：如果面临甲方的指控，应积极配合调查，提供相关证据证明自己的清白。如果确实存在不当行为，应主动承担责任，寻求和解或赔偿等解决方案。

总结：甲方单方面认为经济合同诈骗金额超过了5万，并不能直接决定由民事诉讼转为刑事诉讼。是否构成刑事犯罪以及是否需要转为刑事诉讼，需依据具体事实和法律规定，由公安机关或检察机关依法决定。在处理此类纠纷时，建议当事人保持冷静，收集证据，并咨询专业律师的意见。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。