专项作业车超过55吨的处罚需结合具体违法情形及适用法律综合判断，主要涉及行政处罚与民事责任两方面，具体分析如下：

1. 行政处罚层面
   根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条及《公路安全保护条例》第六十四条，专项作业车超限超载的处罚需区分是否超过核定载质量及是否超过公路限载标准：

   • 若超过核定载质量但未超过公路限载标准（如核定载质量50吨，实际载55吨）：
     由公安机关交通管理部门扣留车辆至违法状态消除，并处200元以上500元以下罚款；若超过核定载质量30%以上，处500元以上2000元以下罚款，同时可能面临驾驶证扣分（一般扣3-6分）。
     
   • 若超过公路限载标准（如公路限载50吨，实际载55吨）：
     由公路管理机构依据《公路安全保护条例》责令改正，处3万元以下罚款；若对公路造成损害，还需承担赔偿责任。
     
   • 特殊情形：若专项作业车属于不可解体物品运输（如大型设备），需依法申请超限运输许可，未申请或未按许可路线行驶的，按违法超限运输处理。

2. 民事责任层面
   若超载行为导致交通事故或公路损害，驾驶员及车辆所有人可能需承担民事赔偿责任：

   • 交通事故责任：根据《民法典》第一千二百零八条，超载行为若被认定为事故原因之一，需按过错比例赔偿对方损失（如车辆维修费、医疗费等）。
     
   • 公路损害赔偿：根据《公路安全保护条例》第七十一条，造成公路损坏的，需按损害程度支付赔偿费，具体标准由省级交通主管部门制定。

建议：若您涉及专项作业车超限超载问题，需结合车辆核定载质量、公路限载标准及具体违法情节综合判断责任。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律适用及应对方案。