民事案件开庭超过三次并不直接构成程序违法。在民事诉讼中，开庭次数并非衡量程序是否违法的直接标准，而是取决于案件的复杂程度、证据收集情况、当事人争议焦点以及法院的审理进度等多种因素。以下是对这一问题的详细分析：

一、开庭次数的决定因素

1. 案件复杂程度：复杂的民事案件，如涉及多方当事人、多个法律关系或需要专业鉴定的案件，往往需要更多的开庭次数来充分审理和查明事实。
2. 证据收集情况：如果案件中的关键证据需要进一步收集或核实，法院可能会安排多次开庭以确保证据的充分性和真实性。
3. 当事人争议焦点：当事人之间的争议焦点较多或分歧较大时，法院可能需要通过多次开庭来逐步明确争议点，并作出公正裁决。
4. 法院审理进度：法院的工作安排和审理进度也会影响开庭次数。例如，如果法院同时处理多个案件，可能会根据案件的紧急程度和重要性来安排开庭顺序和次数。

二、程序违法的认定标准

程序违法通常指的是在诉讼过程中违反了法律规定的程序要求，如未依法送达诉讼文书、未保障当事人的诉讼权利、未依法组织证据交换或质证等。这些违法行为与开庭次数无直接关联，而是与诉讼程序的合法性和公正性有关。

三、开庭次数过多的可能影响及应对

虽然开庭次数过多并不直接构成程序违法，但可能会给当事人带来额外的诉讼负担和时间成本。如果当事人认为开庭次数过多且无正当理由，可以采取以下措施：

1. 与法院沟通：当事人可以与法院沟通，了解开庭次数过多的原因，并表达自己的关切和诉求。
2. 申请合并审理：如果案件涉及多个相关争议点，当事人可以申请法院合并审理，以减少开庭次数和提高诉讼效率。
3. 寻求法律援助：如果当事人对诉讼程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的法律援助，以更好地维护自己的合法权益。

四、法律依据

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院应当根据案件的具体情况，合理安排开庭次数和审理进度，确保诉讼程序的合法性和公正性。同时，当事人也有权在诉讼过程中提出自己的诉求和意见，并依法维护自己的合法权益。

综上所述，民事案件开庭超过三次并不直接构成程序违法。如果当事人对开庭次数有疑虑或担忧，建议与法院沟通并了解具体情况，同时也可以寻求专业律师的法律援助。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。