在刑事缺席审判程序中，尽管被告人未能亲自到庭，但其权利依然受到法律的严格保障。以下是对刑事缺席审判程序中被告人权利保障的详细阐述：
一、程序启动前的权利保障
知情权：在缺席审判程序启动前，被告人及其法定代理人、近亲属有权获知案件进展、缺席审判的适用条件及可能后果等信息。这确保了被告人能够在充分了解情况的基础上，作出是否申请恢复审理或提出其他法律意见的决定。
申请权：对于因患有严重疾病无法出庭的被告人，其本人或法定代理人、近亲属有权申请恢复审理。这一规定体现了司法的人文关怀，允许被告人在条件允许的情况下，重新参与诉讼程序，维护自己的合法权益。
二、审判过程中的权利保障
辩护权：在缺席审判中，被告人依然享有辩护权。法院会依法为被告人指定辩护人，或者允许其委托辩护人进行辩护。辩护人将代表被告人参与诉讼，提出辩护意见，确保被告人的合法权益得到充分维护。
质证权：尽管被告人未能亲自到庭，但其辩护人仍有权对控方提出的证据进行质证，提出异议或反驳。这有助于确保案件事实的准确查明和证据的合法性审查。
申请回避权：如果被告人或其辩护人认为审判人员、检察人员等存在可能影响公正审判的情形，有权申请其回避。这一规定确保了审判的公正性和客观性。
三、审判后的权利保障
上诉权：被告人对缺席审判的判决结果不服的，有权依法提出上诉。上诉程序为被告人提供了进一步维护自己合法权益的途径，确保判决的公正性和合法性。
申请再审权：如果被告人认为判决存在错误或违法情形，还有权依法申请再审。再审程序是对原判决的重新审查，有助于纠正可能存在的错误，保障被告人的合法权益。
四、特定情形下的特别保障
贪污贿赂犯罪与严重危害国家安全、恐怖活动犯罪案件：对于这类案件，如果被告人在境外且逃避法律制裁，国家将通过缺席审判程序追究其刑事责任。在此过程中，被告人的辩护权、质证权等依然得到保障，同时，法院还会通过国际合作等方式，尽力确保被告人的合法权益不受侵害。
被告人死亡案件：在被告人死亡的案件中，如果证据证明被告人无罪或案件需要按照审判监督程序重新审判，法院将缺席审理并作出判决。这一过程中，被告人的名誉权、隐私权等依然受到法律保护，确保无辜者不会因死亡而蒙冤。
综上所述，刑事缺席审判程序在保障诉讼程序正常进行和法律公正实施的同时，也充分注重对被告人权利的保障。通过一系列制度设计和程序安排，确保了被告人在缺席审判中的合法权益得到有效维护。