科研机构部门能否现金出资成立企业，结论是可以的，但需满足一定条件并遵循相关法律法规。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律层面
出资方式合法性：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。科研机构部门作为股东，选择现金出资是合法且常见的出资方式。
主体资格：
- 科研机构部门若具备法人资格或经授权可以独立承担民事责任，则有权作为股东出资设立企业。若科研机构部门本身不具备法人资格，可能需要其上级单位或具有法人资格的主体作为出资人。
出资程序：
- 科研机构部门在出资时，需遵循公司设立的相关程序，包括但不限于签订出资协议、验资、办理工商登记等。同时，需确保出资的现金来源合法，不存在违法违规情形。
二、实际操作层面
资金来源与合规性：
- 科研机构部门在出资时，需确保资金来源的合法性，如科研经费、自有资金等。若资金来源于政府拨款或专项基金，需确认该资金是否允许用于对外投资或设立企业。
内部决策程序：
- 科研机构部门在出资前，需履行内部决策程序，如召开会议审议出资事项、形成决议等。这有助于确保出资行为的合法性和合规性，并避免后续纠纷。
风险防控：
- 科研机构部门在出资设立企业时，需对目标企业的经营状况、市场前景等进行充分评估，以降低投资风险。同时，可考虑在出资协议中约定风险防控措施，如股权回购、业绩对赌等。
三、特殊情形考虑
科研机构性质：
- 若科研机构为事业单位或国有企业，其出资行为可能受到更多限制和监管。例如，需履行国有资产评估、审批等程序，确保国有资产保值增值。
关联交易与利益冲突：
- 科研机构部门在出资设立企业时，需避免与关联方进行不正当交易或存在利益冲突。这有助于维护科研机构的声誉和公信力，并避免法律纠纷。
四、法律建议
咨询专业律师（此处在本回答中作为引导语，实际回答中不直接出现，但建议用户在实际操作中考虑）：在出资设立企业前，建议科研机构部门咨询专业律师，以确保出资行为的合法性和合规性。
完善内部制度：科研机构部门应建立健全内部决策和风险防控机制，确保出资行为符合法律法规和内部规定。
关注后续监管：出资设立企业后，科研机构部门需关注目标企业的经营状况和合规情况，及时履行股东权利和义务。
若您在科研机构部门现金出资成立企业的过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。