该员工的行为已涉嫌职务侵占罪，公司应立即采取法律措施追究其刑事责任，并同步启动内部追责与资产追回程序。以下从刑事追责、民事追偿、内部管理三个维度展开分析：

一、刑事追责：以职务侵占罪启动刑事程序

根据《刑法》第271条，员工利用职务便利将公司财物非法占为己有，数额较大的（6万元以上）构成职务侵占罪，100万元属于“数额巨大”，可处3年以上10年以下有期徒刑，并处罚金。
操作建议：

1. 固定证据链：收集采购合同、付款凭证、货物交付记录、员工签字文件等，证明资金流向与实际采购行为不符；
   
2. 报案材料准备：撰写《刑事控告书》，附证据清单，向公司所在地公安机关经侦部门报案；
   
3. 配合调查：协助警方调取银行流水、监控录像等，推动案件立案侦查。
   

关键点：若员工将资金用于个人挥霍或转移至境外，可能同时涉嫌洗钱罪，需同步向警方说明。

二、民事追偿：通过诉讼追回损失

即使刑事程序启动，公司仍可单独提起民事诉讼，要求员工返还侵占资金及赔偿损失。
操作建议：

1. 起诉主体：以公司名义向法院提起“返还原物纠纷”或“不当得利纠纷”诉讼；
   
2. 财产保全：申请冻结员工名下房产、车辆、银行账户等资产，防止转移；
   
3. 执行阶段：若员工无力偿还，可申请将其纳入失信被执行人名单，限制高消费。
   

特殊情形：若员工与供应商串通虚构采购，可追加供应商为共同被告，要求其承担连带赔偿责任。

三、内部管理：完善风控机制防止再发

1. 采购流程优化：
   
   • 实行“采购-验收-付款”三权分立，避免一人全程操作；
     
   • 对大额采购引入第三方审计或招标程序。
     
2. 财务监管强化：
   
   • 设置资金支付双岗复核，超过一定金额需管理层审批；
     
   • 定期对账，对异常支出启动内部调查。
     
3. 员工合规培训：
   
   • 定期开展职务犯罪警示教育，明确法律红线；
     
   • 签订《廉洁承诺书》，将违规行为与绩效、晋升挂钩。
     

提示：若员工已离职，公司仍可追究其责任，但需注意诉讼时效（民事诉讼为3年，刑事追诉期为5-10年）。建议尽快行动，避免证据灭失。

如有进一步细节需补充（如资金去向、员工职位等），可随时向我咨询，我将结合具体情形提供更精准的方案。