结论前置：工伤后合作医疗报销了，仍然可以申请劳动仲裁。
详细分析：
合作医疗报销与劳动仲裁的独立性：
- 合作医疗报销是基于医疗保险制度，对因疾病或意外伤害导致的医疗费用进行的经济补偿。它主要关注的是医疗费用的支付问题。
- 劳动仲裁则是解决劳动争议的一种法律程序，包括但不限于工伤赔偿、工资支付、劳动合同解除等争议。它关注的是劳动者与用人单位之间的权益关系。
- 两者在性质、目的和适用范围上均不相同，因此合作医疗报销并不影响劳动者申请劳动仲裁的权利。
工伤赔偿的法律依据：
- 根据《工伤保险条例》等相关法律法规，劳动者在工伤发生后，有权享受工伤保险待遇，包括医疗费用、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金等。
- 如果用人单位未依法为劳动者缴纳工伤保险费，或者未按照规定的标准支付工伤赔偿，劳动者有权通过劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益。
申请劳动仲裁的条件和流程：
- 劳动者在工伤发生后，如果与用人单位就工伤赔偿等问题产生争议，可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 申请劳动仲裁时，劳动者需要提交仲裁申请书、相关证据材料（如工伤认定决定书、医疗费用发票等）以及身份证明等文件。
- 劳动争议仲裁委员会在受理申请后，会依法进行审理，并作出裁决。如果劳动者对裁决结果不服，还可以依法向人民法院提起诉讼。
合作医疗报销对劳动仲裁的影响：
- 合作医疗报销并不改变劳动者因工伤而享有的法定赔偿权利。即使劳动者已经通过合作医疗报销了部分医疗费用，仍然有权就剩余的工伤赔偿问题申请劳动仲裁。
- 在劳动仲裁过程中，劳动者需要提供充分的证据证明自己的工伤事实、医疗费用支出以及用人单位未依法支付赔偿等情况。合作医疗报销的记录可以作为劳动者医疗费用支出的证据之一，但并不影响劳动者就其他工伤赔偿项目（如伤残津贴、一次性工伤医疗补助金等）提出主张。
建议：
- 如果您在工伤后已经通过合作医疗报销了部分医疗费用，但认为用人单位未依法支付其他工伤赔偿项目，建议您及时收集相关证据材料，并向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 在申请仲裁前，您可以先与用人单位进行协商，尝试通过友好协商的方式解决争议。如果协商无果，再考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
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