针对您提出的“工伤后休假证明都在公司手里，怎么申请停工留薪期”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，要明确的是，申请停工留薪期是工伤职工的合法权益。即使休假证明目前在公司手里，您依然有权申请停工留薪期。以下是申请停工留薪期的具体步骤：

1. 与公司沟通：

   • 您可以首先与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，说明您的工伤情况和需要申请停工留薪期的需求。
   • 请求公司提供您所需的休假证明或其他相关医疗文件，以便您能够正式提交停工留薪期的申请。

2. 准备申请材料：

   • 如果公司同意提供休假证明，您应确保这些证明文件完整、准确，并包含治疗工伤的医疗机构出具的诊断证明。
   • 如果公司暂时无法提供或拒绝提供，您可以尝试联系治疗工伤的医疗机构，请求他们重新出具一份诊断证明或休假建议书。
   • 同时，您可能需要准备一份书面申请，详细说明您的工伤情况、治疗进展以及需要停工留薪期的理由。

3. 提交申请：

   • 将准备好的申请材料（包括休假证明、诊断证明、书面申请等）提交给公司的人力资源部门或相关负责人。
   • 确保公司收到您的申请，并保留好提交申请的证据，如邮件发送记录、快递单据等。

4. 等待公司确认：

   • 公司应根据您提交的申请材料和《工伤职工停工留薪期分类目录》（或当地类似规定）来确定您的停工留薪期限。
   • 如果公司同意您的申请，通常会出具一份正式的停工留薪期确认书或类似文件。

5. 处理异议（如有）：

   • 如果公司对您的停工留薪期申请有异议，他们可能会要求您提供更多的医疗证明或进行进一步的医疗评估。
   • 在这种情况下，您应积极配合公司的要求，并提供必要的协助和信息。
   • 如果公司仍然不同意您的申请，您可以考虑向当地的劳动能力鉴定委员会提出申请，请求他们进行确认。但请注意，劳动能力鉴定委员会通常不受理个人直接申请延长停工留薪期的情况，这通常需要通过公司来提出。不过，在初次申请停工留薪期时，如果公司不配合，您可能需要咨询当地劳动部门或法律援助机构以了解具体的维权途径。

6. 停工留薪期满后的处理：

   • 如果您的停工留薪期即将满期但伤情尚未稳定或未痊愈，您应在期满前向公司提出延长停工留薪期的书面申请。
   • 公司同意后，可以延长停工留薪期。如果公司不同意，且您认为有必要延长，同样可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。

在整个过程中，我建议您保持与公司的良好沟通，并尽可能提供完整、准确的医疗证明文件。如果遇到任何困难或问题，不要犹豫寻求当地劳动部门或法律援助机构的帮助。希望这些信息能够对您有所帮助。